辣椒种质资源间蕴藏着巨大的杂种优势,分析辣椒种质资源的亲缘关系、遗传距离及杂种优势间的关系是新时期辣椒育种的重要内容。本研究以福建省三明市农科所收集的34份具有较高利用价值的辣椒种质资源为研究材料。采用SRAP分子标记分析了34份辣椒种质资源的遗传多样性,并基于分子聚类结果选出11个(其中5份辣椒亲本材料作为母本,6份辣椒亲本材料作为父本),按不完全双列杂交设计(5×6)组配成一套包括辣椒亲本和杂种一代2个世代的遗传材料。采用DPS7.05软件,系统分析了辣椒遗传距离与杂种优势间的关系,这为辣椒育种中亲本选配和育种方案制定提供理论依据。SRAP分子标记分析表明,30对引物组合进行SRAP扩增,其中有28个引物组合可以获得多态性扩增,共扩增出356条带,其中多态性条带298条,多态性条带比例83.7%。扩增出的DNA带的大小在200～3000bp之间。SRAP标记可明显区分34个辣椒自交系材料的基本类型即长椒(c.f.Var.longum Sent)和灯笼椒(c.f.Var.grossum Sent)。基于SRAP标记数据的聚类结果,以遗传相异系数0.33为阀值,将该育种系谱亲本划分成4个类群。辣椒亲本间遗传距离与F1各性状杂种优势率的相关性分析表明,亲本间遗传距离与8个经济性状杂种优势指数的相关系数在-0.387～0.379之间,亲本间遗传距离与果肉厚、结果数杂种优势指数呈正相关,而与株高、开展度、果长、果宽、单果重和单株产量的杂种优势呈负相关,但都未达到极显著,表明依据直线线性关系无法预测亲本间遗传距离和杂种优势的关系。为了明确它们之间的关系,以SRAP遗传距离为横坐标,F1各性状杂种优势率为纵坐标做二维散点图。为了便于分析,把各组合亲本间遗传距离划分成若干个区间,分析不同区间范围内遗传距离与杂种优势的关系。结果表明:株高和果宽的杂种优势随SRAP遗传距离的增大而总体上显现出减小的趋势;开展度、果长、单果重杂种优势与SRAP遗传距离没有明显的规律可循;产量、结果数、果肉厚杂种优势随SRAP遗传距离区间的不同,表现出一定的规律性。