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在拟南芥等模式植物中,DCL1和HYL1等蛋白是miRNA生物合成途径的关键组分,这些蛋白的一个共同特征是具有双链RNA结合域,表明双链RNA结合蛋白在miRNA合成中具有关键作用。尽管已经在几种果树(包括柑橘、葡萄、草莓、苹果)中克隆了一些miRNA及其转录前体序列,但对果树中miRNA转录前体的加工以及miRNA合成途径还不清楚。本研究以苹果为试验材料,克隆鉴定microRNA合成相关的双链RNA结合蛋白基因,并通过表达分析和转基因研究鉴定其在miRNA积累和植物生长发育中的功能。
另外,一些miRNA的序列和功能在不同植物中高度保守,具有重要功能的拟南芥miRNA基因或前体序列在果树基因工程中具有应用前景。本研究通过在烟草中遗传转化拟南芥的AtmiR393a基因,验证其异位表达后的功能保守性,为果树遗传转化和转基因利用提供参考。主要结果如下:
1、苹果双链RNA结合蛋白基因MdDRB的克隆和特征分析
克隆了MdDRB基因的cDNA全长,总长度为1853 bp,其中ORF区域为1479 bp,编码一条含492个氨基酸的多肽,预测的PI为5.4,分子量为52.2 kDa。基因组序列分析表明编码区含有3个外显子和2个内含子,2个内含子分别为919 bp和970 bp,而5-和3-UTR区都没有内含子的插入。
2、MdDRB编码双链RNA结合蛋白
氨基酸序列分析表明,MdDRB蛋白的N端含有2个双链RNA结合区(Ds-DRM),1个核定位区(NLS),在其C端含有2段10个氨基酸残基重复序列。同源性比对发现,该蛋白双链RNA结合区的氨基酸序列与大白菜BcpLH的同源性最高,达75.31%,而与拟南芥AtDRB1(HYL1)的同源性达72.84%。
MdDRB蛋白的EMSA试验证明,MdDRB蛋白只结合双链RNA探针,而与单链RNA、双链DNA和单链DNA探针完全没有结合,并且加入未标记的竞争性探针后,MdDRB蛋白与标记探针的杂交信号没有明显减弱,表明MdDRB蛋白与双链RNA探针的结合是非特异性的。
3、MdDRB基因的表达分析
MdDRB基因的半定量RT-PCR或实时定量PCR结果表明,MdDRB基因在检测组织和器官中组成型表达,但表达水平有差异,在叶片中的表达量最高,且幼叶的表达量高于成熟叶。同时,MdDRB基因的表达受ABA、盐和低温胁迫诱导。
4、MdDRB参与miRNA的合成调控
microRNA芯片分析和半定量茎环RT-PCR表明,MdDRB正反义转基因愈伤中的miRNlA形成受到干扰,有的积累增高,有的降低,表明MdDRB参与miRNA合成。
5、MdDRB调控生长发育
无论是MdDRB转正义基因苹果愈伤组织,还是转反义的愈伤组织,其生长速度都比转空载体的慢。同时,与野生型番茄相比,正义转基因番茄叶片发育调控基因LePROCERAHE和LeLYRATE的表达水平上调,并且叶片发育异常。上述结果表明,MdDRB在维持细胞生长、叶片正常发育等过程中发挥作用。
6、AtmiR393基因的异位表达影响转基因烟草的生长素敏感性
拟南芥AtmiR393a基因在烟草中异位表达,导致转基因烟草中过量积累成熟miR393,并下调靶基因NtTIR1的表达水平,从而降低转基因烟草对生长素的敏感性,最终导致幼苗生长和向光性受到抑制,但对盐胁迫的耐受性提高。表明烟草中存在与拟南芥相似的miR393转录后调控途径,说明了miR393的生物学功能在烟草和拟南芥之间是高度保守的。