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以徐闻常见的7种滨珊瑚科珊瑚：澄黄滨珊瑚（Porites lutea）、灰黑滨珊瑚（Porites nigrescens）、普哥滨珊瑚（Porites pukoensis）、柱形角孔珊瑚（Gonioporacolumna）、细角孔珊瑚（Goniopora gracilis）、小角孔珊瑚（Goniopora minor）和二异角孔珊瑚（Goniopora duofasciat）为研究对象，采用聚合酶链式反应（PCR）技术分别获得了上述7种共58个样本的ITS序列和各种的12SrRNA基因序列，并对其遗传多样性和系统发生关系进行了研究。基于ITS基因的遗传多样性研究结果显示，7种珊瑚的ITS1基因的长度在187bp-218bp之间，GC含量在40%-51%之间，共检测到48个单倍型，单倍型多样性在0.800-1.000之间，多态位点数在5-62之间，平均核苷酸差异数在2.067-16.833之间，核苷酸多样性指数在0.012-0.094之间；ITS2基因的长度在166bp-250bp之间，GC含量在37%-49%之间，共检测到43个单倍型，单倍型多样性在0.742-1.000之间，多态位点数在22-75之间，平均核苷酸差异数在4.463-43.333之间，核苷酸多样性指数在0.017-0.175之间。本文所研究的7种滨珊瑚，基于ITS2的平均核苷酸差异都大于基于ITS1所得结果，除澄黄滨珊瑚外，ITS2在各种内的核苷酸多样性均大于基于ITS1所得结果，说明在长期的进化过程中，ITS2的变异度要大于ITS1。在所研究的7种滨珊瑚中，基于ITS区所得遗传分化系数在-0.004-0.121之间（p＜0.001），遗传分化不明显。7种珊瑚的5.8S rRNA基因的长度在141bp~190bp之间，GC含量在45%-54%之间，基于5.8S rDNA基因系统发生关系研究结果是：7种珊瑚的平均遗传距离是0.187，发育树可以分为5个大类群，其中第Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ个类群都是一个种聚在一支，分别是灰黑滨珊瑚，柱形角孔珊瑚和普格滨珊瑚，而第一个类群中珊瑚聚集了澄黄滨珊瑚和三种角孔珊瑚。基于12SrRNA基因的系统发育关系研究结果显示，所得的7种珊瑚的12SrRNA基因长度在659bp~920bp之间，GC含量在37.8%~40.0%之间，遗传距离在0.002~0.025之间，12SrRNA基因在滨珊瑚科内比较保。系统进化树显示：在7种珊瑚中，单系性比较明确，7种珊瑚被分成了3个支系，三种滨珊瑚是一个支系，二异角孔珊瑚作为一个单独的支系被分出，其他的三种角孔珊瑚作为一个支系。以12SrRNA基因建立的系统发育树与传统的形态学分类系统基本吻合。