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转录组测序技术是近些年来比较流行的测序技术,可以为分子标记的开发提供重要的资源,与传统的来自基因组DNA开发的标记相比,依据转录组数据开发的分子标记是一种新型的分子标记,具有显著的优势,如信息量高、开发简便和通用性好等,在许多方面都有重要的利用价值,如应用在比较作图、遗传多样性评价和系统发育学等方面的研究。然而,在许多物种中此类新型的分子标记目前尚未得到开发利用。建兰是一种兰属植物,因其具有怡人的芳香和优雅的形态,所以具有较高的观赏价值,但目前建兰基因组的信息十分匮乏。本研究以建兰的转录组数据为基础,分析了其中SSR序列的资源,进行初步实验,建立了部分Genic-SSR标记,并对这些标记在建兰的遗传背景分析中进行了尝试性应用。为建兰育种的研究在分子水平上提供了一些参考信息。实验结果如下:(1)利用High-seq技术对建兰的转录组进行深度测序,采取从头拼接的策略进行拼接,于是得到了 101423个转录产物,总共为139385689bp,平均长度为1374 bp。在这个转录组数据库中,我们一共检测到了 17,793个SSR位点,它们的平均密度分别是12.82个 SSRs/10kb。(2)根据长度、基元和所在位置选取了 80对genic-SSR进行引物设计;而且在12个建兰品种中进行扩增验证,有61对引物扩增成功,其中39对引物具有多态性,其多态信息含量(polymorphism information content,PIC)在 0.141～0.746 之间,平均为 0.348;然后对成功扩增的61对SSR所在独立基因(Unigene)序列进行了包括非冗余(Non-redundant,NR)数据库、基因本体论(Gene Ontology,GO)、真核细胞的直系同源组(Eukaryotic orthologous groups,KOGs)和代谢途径(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)的注释,发现有52个比对上了 NR的序列、38个序列具有GO信息、18个具有KOG信息,15个具有KEGG信息。来自于建兰转录组的这39对引物不仅具有一定的多态性,而且通过基因注释赋予了其许多功能信息,是建兰遗传多样性分析、图谱构建以及基因定位的理想分子标记。(3)我们利用本实验室建兰转录组中开发的62个genic-SSR标记对包含4个种的35个中国兰材料进行通用性检验,发现有52个表现出多态性,说明这些标记有很高的通用性。根据这52个多态genic-SSR数据,对遗传多样性和种群结构进行了分析,显示这35个材料之间的遗传距离平均为0.389,范围为0.016-0.600;52个多态性标记的多态性指数(PIC)平均为0.415,从0.054到0.824不等。在群体分类上清晰地区分了各个物种群体,这说明genic-SSR标记在种群分类上有很高的区分能力并且可以揭示物种间不同的地理来源。