马氏珠母贝是我国生产海水珍珠的主要贝种。近年来，由于马氏珠母贝养殖群体生长性状分化，育珠母贝死亡率高，珍珠质量、产量、国际竞争力下降。因此，培育适合海区养殖的新品种是解决当前产业问题的有效途径。传统的育种方式加分子标记辅助育种模式已成为当今育种领域的主要发展方向，若能将微卫星标记与数量性状相关联，理论上可为功能基因与微卫星的关系研究提供参考资料，实践上也可为提高选育效率，加快育种进程提供技术支持。以杂交家系为材料，利用本实验室开发的70对引物进行家系遗传结构分析。结果表明，70个微卫星位点中有30个SSR标记具有多态性。这30对SSR引物扩增的等位基因数为2-5，共得到79个等位基因，平均有效等位基因数为2.0个。观测杂合度为0.000~0.9444，平均值为0.4633，期望杂合度为0.1955~0.7143，平均值为0.4946。经卡方检验，部分位点显著（p<0.05）或极显著（p<0.01）偏离hardy-weinberg平衡，大部分位点符合hardy-weinberg平衡。对所用马氏珠母贝材料的生长性状（壳长、壳高、壳宽、总重、壳重、软体重）和用微卫星标记所产生基因型用SPSS17.0软件进行关联分析，结果表明30个微卫星位点中，有7个微卫星位点与生长性状显著（p<0.05）或极显著（p<0.01）相关。4PM334位点与壳长、壳重显著相关（p<0.05）；4PM22与软体重显著相关（p<0.05）；2PM55与壳宽有显著相关（p<0.05）；2PM63于壳高、总重、壳重、软体重显著相关（p<0.05）；4PM31与壳长、壳宽显著相关（p<0.05）；1PM43与壳长、壳高、壳宽、壳重显著相关（p<0.05）；4PM581-1于壳高极显著相关（p<0.01）,于总重、壳重显著相关（p<0.05）。利用筛选的SSR序列（来自转录组数据）在NCBI数据库中进行Blastx搜索，发现4PM581-1微卫星位点与已知的海胆的细胞分裂控制家族蛋白质45(celldivision control45，CDC45)编码序列匹配度较高。CDC45是细胞分裂控制蛋白家族中一个重要的成员，CDC45基因和染色体复制的其它基因（MCM基因、GIN基因）组成CDC45-MCM、CDC45-GIN分子复合物调节DNA的复制、CDC45同时也是复制叉的组成部分。在细胞分裂周期中起着重要的作用。本研究采用RACE技术，克隆得到CDC45基因的全长，该片段全长为2091bp,5’非编码区（5’UTR）为157个bp,3’非编码区（3’UTR）为34个bp，其中开放阅读框为1967bp,编码655个氨基酸，末端有26个腺嘌呤的ploy A尾巴。荧光定量PCR分析该片段在组织中的差异表达，结果表明，其在闭壳肌中表达量最高，其次是鳃中，在外套膜中表达最低。