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代谢通量分析是根据代谢途径中各反应的计量关系以及生物实验中测得的数据来确定整个代谢反应网络中代谢通量的一种方法，在细胞生理学和代谢工程学中占有重要地位。目前在代谢通量分析领域广泛应用的有通量平衡分析和基于碳标记实验的代谢通量分析两种主要手段，在实施过程中各有优势和缺点，分别得到多个建模分析工具的支持。
针对现有代谢通量分析软件的现状和不足，我们在分析代谢通量模型特点的基础上设计实现了可视化代谢通量建模系统VFA(Visual Flux Analyzer)。该系统既支持通量平衡分析，也能够对同一生物代谢网络进行<13>C代谢通量分析，有助于全面深入地考察和理解生物模型。VFA利用扩展自系统生物学标记语言SBML的模型描述语言刻画代谢通量模型，能够在不周平台间交换和共享代谢模型信息。我们还开发了该模型描述语言的解析软件包和转换程序，拓展了系统的代谢模型和实验数据的来源。VFA基于Cytoseape插件实现了可视化建模功能，具有友好的图形用户界面和便捷的建模能力。目前我们已经将VFA应用于大肠杆菌代谢网络的建模仿真研究中，并取得了预期效果。