自主创新技术的商业秘密是企业持续发展的动力和源泉，对企业在激烈的经济竞争中取得一席之地起着至关重要的作用。因此，对自主创新技术的商业秘密的保护不仅有利于企业利用创新的技术成果创造更多的经济价值，而且有利于降低企业所面临的法律风险。企业自主创新技术的商业秘密保护方式有两种：自我保护和法律保护。自我保护属于事前保护，是企业自主创新技术的商业秘密未被侵犯，企业依据自身的特点构建相关的制度对自主创新技术的商业秘密所实施的保护；法律保护属于事后保护，在自主创新技术的商业秘密遭受侵犯后，企业依据法律规定所寻求的法律救济。由于商业秘密自身具备的特点，自我保护应该是一个企业所采取的主要保护方式。目前，企业对自主创新技术的商业秘密的保护存在一些问题和困难。很多企业对自主创新技术的商业秘密的法律概念界定不清、对有可能泄密的主要途径认识不足、采取的保护措施不力，企业保护自主创新技术的商业秘密没有形成一套完整的、行之有效的企业制度。在法律方面，我国没有统一的商业秘密保护法，对自主创新技术的商业秘密的保护比较分散，具体的法律规定也存在着一定的问题。因此，完善我国的商业秘密的法律制度，企业加深对自主创新技术的商业秘密的认识以及对其建立完整的保护制度，是解决目前企业在保护自主创新技术的商业秘密方面存在问题的主要途径。