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2008年8月至2010年3月期间，本研究通过收集全区各地疑似猪流感(Swineinfluenza，SI)的临床样品进行病毒分离。应用鸡胚接种和细胞培养共分离到两株猪流感病毒(Swineinfluenzavirus，SIV)，通过对8个片段的全基因克隆及序列分析，证实为H1N2和H1N1亚型SIV。将分离株命名为A/swine/Guangxi/NNGN3/2009(H1N2)（简称GN3株）和A/swine/Guangxi/LB144/2009(H?N1)（简称LB144株）。另外，本研究也对本实验室保存的A/swine/Guangxi/LGX1/2006(H3N2)（简称LGX1株）和A/swine/Guangxi/LGX3/2005(H3N2)（简称LGX3株）进行序列分析。
对GN3株和LB144株各基因关键位点分析，发现GN3株HA基因第190、220、225、226、228位(H3亚型HA1位置)氨基酸残基分别为D、R、D、Q、G，表明其可与SAα-2，6-Ga1受体结合；在HA裂解位点只有单个R，不具备高致病性毒株HA序列特征；PB2基因第627、701位分别为E、D；PB1-F2为34个氨基酸组成的截短多肽；NS1第92位为D，且不具备PDZ配体功能域序列，这些都说明GN3株为低致病性SIV。耐药性基因位点中，NA基因119E、274H、292R、294N和M2基因31S，表明GN3株对神经氨酸酶抑制类、M2离子通道作用类抗病毒药物依然敏感。
LB144株PB2基因627E、701N；NS1基因的PL基序(GPKV)都表明其为低致病性SIV。耐药性基因位点中，NA基因119E、274Y、292R、294N和M2基因31S，表明LB144株已对奥司他韦产生耐药性，但依然对M2离子通道作用类抗病毒药物依然敏感。
系统发育进化与核酸同源性分析结果显示，GN3株为“人-猪-禽”三源重配SIV，且具有类似于北美地区三源重配SIV的TRIG(Triplereassortantinterna1gene，TRIG)盒，其基因来源情况为：PB2和PA基因来源于北美禽源谱系；PB1基因来源于北美“三重配SIV株”人源谱系；HA、NP和M基因来源于古典H1N1猪源谱系；NA来源于H3N2人源谱系；NS来源于三重配猪源谱系。GN3株分别与Sw/GX/13/06和Sw/Hainan/1/05保持较高的亲缘性，并与香港分离株Sw/HK/NS623/02关系最密切。而LB144株PB2、NP、NA、M和NS基因都来源于欧洲类禽谱系，证实了LB144株为欧洲类禽N1亚型SIV。LGX1株和LGX3株8个基因片段来源于人源谱系，证实LGX1株和LGX3株为近期类人H3N2SIV。