塔里木马鹿（Cervus elaphus yarkanlensi）是我国唯一生存于荒漠生境的马鹿亚种,野外种群受到严重威胁,被列为国家Ⅱ级重点保护野生动物。塔里木马鹿也是重要的茸鹿品种,具有很大的人工饲养种群。本文应用PCR-SSCP分型和测序技术研究了塔里木马鹿人工饲养利群MHC-DQA1基因的遗传多样性及其产茸能力的关系。结果表明,圈养塔里木马鹿种群中MHC-DQA1基因有5个等位基因:A、B、C、D和E,其频率分别为:0.387、0.194、0.250、0.137和0.032。共有11种基因型:AA、BB、CC、DD、AB、AC、AD、BC、CD、CE和EE,频率分别为:0.21、0.097、0.113、0.065、0.145、0.129、0.081、0.048、0.065、0.032和0.016,杂合度为0.5。等位基因频率分布不均衡,在选育中容易使低频等位基因丢失,从而存在着群体抗病能力下降的风险,应围绕这一点来优化遗传管理方法。数量化回归分析显示MHC-DQA1基因与塔里木马鹿产茸量存在显著的相关性(R=0.30,t=2.272>t_0.059=2.262),暗示了依据MHC-DQA1基因进行遗传管理,不仪能提高群体的抗病能力,还可以在有限的空间内提高群体的产茸潜力。