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蛋白质是细胞内含量最高的组分，也是生物界结构和功能上形式种类最多，最为活跃的一类生物大分子。本文对蛋白质的天然结构的形成以及在形成天然结构后的分子的运动进行了理论研究。在蛋白质折叠方面，利用简单的格点模型对自然界中蛋白质的基态的普遍特性进行了描述，同时利用遗传算法和人工神经网络对蛋白质天然态进行搜索与聚类分析。在蛋白质动力学方面，用蒙特卡罗与分子动力学方法对在天然结构附近的小振幅运动进行了粗粒化模拟。并且利用高斯网络模型与各向异性网络模型对蛋白质运动与其功能的联系进行了分析。