过去的三十年，我国的国家创新系统快速发展和完善，随着一系列行之有效的科技政策的实施，科技体制改革在科技与经济结合方面取得明显成效。作为科技产出主要成果的科技论文与专利，在数量上逐年增长。但是，我国科研机构和大学的专利申请和授权速度要远高于论文发表的速度。这种趋势下，我国科研人员的论文发表和专利申请行为是否受到了科技政策的影响;科研机构及科研人员与企业合作的增加，对于论文发表和专利申请之间的关系是否也产生了影响，这一系列的研究焦点凸现出来。本文基于前人关于论文与专利复杂关系的研究成果，主要就我国建立国家创新体系的政策制度对科研人员发表论文与申请专利行为的关系影响进行分析。　　本文在梳理国外相关文献的基础上，继承和借鉴已有的研究成果，提出科研人员发表论文和申请专利两种科研活动之间互动关系的相关理论假设，以及与企业合作对这两种活动影响的相关理论假设。然后以前期的理论假设为基础设计调查问卷。以中国科学院为研究场景，面向中国科学院的科研人员发放调查问卷，收集相关数据，并利用描述性统计、多元回归模型对数据进行统计分析，实证分析了我国科研人员发表的论文和申请的专利之间的相关性，以及科研人员与企业合作对这两者关系的调节作用。　　本文的主要结果与结论如下:(1)科研人员申请专利的行为对其发表学术论文的行为具有显著的正向影响作用，说明了在当前的政策背景下，我国科研人员的研究可能越来越多的在巴斯德象限内，进行的是应用导向的基础研究。(2)科研人员发表学术论文的行为对其申请专利的行为具有显著的正向影响作用，说明了科研人员进行的应用研究大多也是以基础研究的科学理论为背景，是源于基础研究的。(3)科研人员的科研活动受到其个人特征的影响，而科研人员的价值取向与其科研活动的相关性不显著。(4)与企业合作与科研人员的论文发表数量无显著相关关系，而与科研人员申请专利的数量显著正相关，且其对于科研人员的论文发表活动对专利申请活动的影响强度也起到显著地调节作用。说明了与企业有过合作的科研人员会进行更多的应用研究，申请更多的专利。并由此得到两条政策启示:(1)国家对科研人员激励机制的设计非常重要。未来深化科技体制改革，应该更加重视对科研人员激励政策的设计与完善。(2)要进一步鼓励科研人员与企业合作。发挥政府的协调作用，促进学术界与产业界深入交流，共同提出产学研合作的项目，兼顾基础研究和应用研究。