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本研究以西门塔尔牛、安格斯牛、鲁西牛、秦川牛、晋南牛、夏洛莱牛、利木赞牛、海福特牛8个品种共326个个体为材料。利用DNA测序、DNA序列分析和PCR-RFLP等技术，结合生物信息学分析方法，克隆和分析牛Pax3、Pax7和LXRA基因，并研究MRFs家族基因、LXRA基因和TG基因共6个候选基因17个位点的遗传变异，同时探讨试验群体遗传结构、遗传多样性及其与经济性状(肉质和胴体组成性状)的关系，旨在获取相应的分子遗传学信息，筛选对牛胴体和肉品质性状有重要影响的功能基因或分子标记，以期发现对牛胴体和肉品质性状的有效分子标记，为牛胴体和肉品质性状的分子标记辅助选择、优质高产新品种或品系培育提供科学依据。得到如下主要结果：
1．采用电子克隆(e-PCR)和反转录PCR(RT-PCR)等技术，从西门塔尔牛肌肉组织中克隆并鉴定了牛Pax3、Pax7和LXRA基因cDNA的编码区(CDS)全长和部分非翻译区序列。
2.推导Pax3和Pax7蛋白的氨基酸序列，并通过生物信息学方法对其特征和功能进行了预测分析，预测结果表明牛Pax3和Pax7基因分别编码390和503个氨基酸，她们都含有126个氨基酸的PAX功能结构域和63个氨基酸的HOX功能结构域。这些结构域序列的保守程度极高。
3.推导LXRA蛋白的氨基酸序列，并通过生物信息学方法对其特征和功能进行了预测分析，预测结果表明牛LXRA基因编码447个氨基酸，包含71个氨基酸的ZnF_C4功能结构域和159个氨基酸的HOLI功能结构域。
4.采用PCR-RFLP方法检测MRFs家族基因和LXRA基因5个位点的多态性，在试验牛群体中进行基因型分型，计算不同牛品种中的基因型频率和基因频率，并与肉质和胴体组成等经济性状进行关联分析。结果发现：(1)MyoD基因不同基因型与眼肌面积之间存在显著相关：BB型和AB型个体的眼肌面积显著大于AA型个体(P＜0.05)；(2)MyoG基因不同基因型与宰前活重和眼肌面积之间存在显著相关：BB型和AB型个体的宰前活重和眼肌面积显著大于AA型个体(P＜0.05)；与胴体长之间存在极显著的相关：BB型个体的胴体长显著的长于AB型个体(P＜0.01)，而AB型个体的胴体长又显著长于AA型个体(P＜0.01)；(3)Myf5基因不同基因型与肉质和胴体组成性状不存在相关性；(4)Myf6基因不同基因型与胴体长之间存在显著相关：BB型个体的胴体长显著长于AA型和AB型个体(P＜0.05)；(5)LXRA基因不同基因型与大理石花纹评分之间存在显著相关：AB型个体的大理石花纹评分显著高于AA型个体(P＜0.05)。
5.采用直接测序方法检测TG基因3’侧翼区的多态性，检测到的18个SNP中有12个是完全连锁(r2=1)，并与肉质和胴体组成等经济性状进行关联分析。结果表明：在G133C位点的多态与大理石花纹评分之间存在显著相关：CC型个体的大理石花纹评分显著大于GG型和GC型个体(P＜0.05)。
6.采用荧光定量PCR方法分析MRFs家族、Pax3和Pax7基因在胎儿期、12月龄、24月龄和36月龄4个不同时期西门塔尔牛肌肉组织中的表达情况。结果发现MRFs家族、Pax3和Pax7基因在胎儿期的表达量均显著地高于其他时期(P＜0.05)，而12月龄、24月龄和36月龄的表达量均差异不显著。
1．采用电子克隆(e-PCR)和反转录PCR(RT-PCR)等技术，从西门塔尔牛肌肉组织中克隆并鉴定了牛Pax3、Pax7和LXRA基因cDNA的编码区(CDS)全长和部分非翻译区序列。
2.推导Pax3和Pax7蛋白的氨基酸序列，并通过生物信息学方法对其特征和功能进行了预测分析，预测结果表明牛Pax3和Pax7基因分别编码390和503个氨基酸，她们都含有126个氨基酸的PAX功能结构域和63个氨基酸的HOX功能结构域。这些结构域序列的保守程度极高。
3.推导LXRA蛋白的氨基酸序列，并通过生物信息学方法对其特征和功能进行了预测分析，预测结果表明牛LXRA基因编码447个氨基酸，包含71个氨基酸的ZnF_C4功能结构域和159个氨基酸的HOLI功能结构域。
4.采用PCR-RFLP方法检测MRFs家族基因和LXRA基因5个位点的多态性，在试验牛群体中进行基因型分型，计算不同牛品种中的基因型频率和基因频率，并与肉质和胴体组成等经济性状进行关联分析。结果发现：(1)MyoD基因不同基因型与眼肌面积之间存在显著相关：BB型和AB型个体的眼肌面积显著大于AA型个体(P＜0.05)；(2)MyoG基因不同基因型与宰前活重和眼肌面积之间存在显著相关：BB型和AB型个体的宰前活重和眼肌面积显著大于AA型个体(P＜0.05)；与胴体长之间存在极显著的相关：BB型个体的胴体长显著的长于AB型个体(P＜0.01)，而AB型个体的胴体长又显著长于AA型个体(P＜0.01)；(3)Myf5基因不同基因型与肉质和胴体组成性状不存在相关性；(4)Myf6基因不同基因型与胴体长之间存在显著相关：BB型个体的胴体长显著长于AA型和AB型个体(P＜0.05)；(5)LXRA基因不同基因型与大理石花纹评分之间存在显著相关：AB型个体的大理石花纹评分显著高于AA型个体(P＜0.05)。
5.采用直接测序方法检测TG基因3’侧翼区的多态性，检测到的18个SNP中有12个是完全连锁(r2=1)，并与肉质和胴体组成等经济性状进行关联分析。结果表明：在G133C位点的多态与大理石花纹评分之间存在显著相关：CC型个体的大理石花纹评分显著大于GG型和GC型个体(P＜0.05)。
6.采用荧光定量PCR方法分析MRFs家族、Pax3和Pax7基因在胎儿期、12月龄、24月龄和36月龄4个不同时期西门塔尔牛肌肉组织中的表达情况。结果发现MRFs家族、Pax3和Pax7基因在胎儿期的表达量均显著地高于其他时期(P＜0.05)，而12月龄、24月龄和36月龄的表达量均差异不显著。