入世后，我国金融体系面临着深刻的变革。2007年1月1日以后，按照入世承诺，外资银行在服务地域和服务对象上将与中资银行同等竞争。我国政府不能再以传统的方式保护竞争力还尚弱的银行业的发展。为了确保银行业安全、稳健地运行，我国要在遵守入世承诺的前提下，改变支持银行的方式。税收政策和制度作为银行业发展的重要制度性因素，已经影响到中国商业银行的盈利能力、稳健经营及资源配置的效率，其调整和改革势在必行。 本文通过对影响流转税实际税负的因素进行理论分析、实证检验和比较，指出我国商业银行目前存在税负偏重，流转税存在重复征税，税收待遇不公等问题。接着，通过图表分析和建模的方法系统地分析了银行业务结构、经营行为和流转税税负间的相互关系。选取银行最主要的三项收入：存贷款收入、手续费收入和投资收益，考察不同银行间，三项收入比重的差异对税负的影响，阐明了由于流转税税基和银行业务自身特性存在差异，不同业务结构的银行实际税负差异很大，传统存贷业务所占比重越大，实际税负越重；另一方面，流转税税率的变动也会改变银行的盈利能力和抗风险能力，从而引起银行经营行为的调整，流转税税率越高，银行越不愿意承担风险，而更愿意采取保守的经营方式。基于银行业务结构对实际税负的影响和税负变化对银行经营行为的影响，笔者提出在进行流转税制进行改革时，应根据银行各项业务自身特性和我国商业银行的未来发展取向来设计流转税税制，具体做法上应当降低营业税税率，调整营业税税基，取消营业税附加，在条件成熟的时候对金融业改征增值税，引导我国银行业不断发展壮大。