在经典植物分类学研究的基础上,以现有的青藏高原黄耆属植物为材料,进行ITS序列和trnL-F序列扩增分析,ITS序列扩增产物采用单向引物测序,trnL-F序列扩增产物采用双向引物测序。测序结果用ClustalX2软件进行比对、排序,手工校正。以3种锦鸡儿为外类群,用PAUP4.0软件构建系统进化树。结合形态学特征和地理分布,对其系统学关系加以探讨,结果如下:1.簇毛类群是一个独立的自然类群,作为一个独立的属是合理的,并且占有独特的生态地理分布区,其表征也是一致的。支持将其转移至蔓黄耆属（Phyllolobium）。《Flora of China》已经采纳了这样的分类处理。从系统树中可以看出,簇毛类群的材料聚到了一起,并得到了较高的自展支持率,支持这种划分依据。2.黄耆亚属多枝组与密花亚属灰毛组应该合并在一起。黄耆亚属多枝组与密花亚属从形态上看,托叶不同。黄耆亚属多枝组的托叶离生或仅基部合生,而密花亚属托叶在叶柄相对一侧合生。从系统进化树中看,这两个亚属的种类聚到了一起,在图中没有明显的界限,支持《Flora of China》的观点,将二者合并到一起。黄耆亚属虽然大多托叶离生,但是基部与密花亚属类似,仅根据托叶的不同将二者分为不同的亚属明显是不合理的。3.黄耆属中除将簇毛亚属的多数种类转移至蔓黄耆属之外,不支持其余亚属的划分。然而,把黄耆属直接划分为不同的组是可行的,但现有的组需要调整。如系统树中,多枝组的类群与短翼组及灰毛组的种类聚为一起,支持将其合并为一个组。4.丁字毛类群可能源自华黄耆亚属或者密花亚属,并且呈现出向旱生方向的演化,在干旱半干旱生境产生适应性分化;而上述两个亚属占据的生境更为多样,且主要向高寒生境适应性进化。