5-羟色胺(5-HT)是一种广泛存在于哺乳动物中的一种重要神经递质。截止2013年，科研人员总共发现了14种5-HT受体亚型，并将其按照结构特性以及生化作用的不同归类为7个受体亚型家族(5-HT1-7)，且除5-HT3受体外，其他均为G蛋白偶联受体(GPCR)。5-HT1B受体被认为是一个与偏头痛高度相关的靶点，5-HT1B受体激动剂被广泛应用于治疗偏头痛。由于5-HT1B受体与5-HT2B受体在结构上具有很大的相似性，因此很多5-HT1B受体激动剂会错误的表达在5-HT2B受体上，导致心脏瓣膜纤维化等极其严重的副作用。本课题基于文献报道的两种受体蛋白之间的结构差别，设计了一套完整的基于动态药效团的虚拟筛选流程，筛选5-HT1B高选择性激动剂。　　首先对从PDB数据库中获得的“麦角胺——5-HT1B受体蛋白”复合物(PDBCode:4IAR)实施加膜处理，然后将受体——配体——膜复合物进行100纳秒的分子动力学模拟，并对结果进行基于氨基酸残基的α碳RMSD分簇，选择其中四个复合物构象分布较多的簇生成代表性构象，作为生成动力学药效团的基础;然后将这四个代表性的蛋白构象导入MOE2013的Protein Ligand InteractionFingerprints(PLIF)应用以定位复合物中的关键反应特征，药效团就是从这些特征点中生成的。每一个单独的复合物构象可以生成一个“静态”药效团，药效团中包含了特征位点与排除体积。将这些“静态”药效团叠合，生成“动态”药效团。　　为验证动态药效团与静态药效团哪种筛选效率高，本课题从ChEMBL数据库中选择了160个对5-HT1B受体有激动效果的化合物，用DecoyFinder生成4336Decoy分子，共同构成了验证库。使用富集因子、ROC曲线下面积、命中化合物库中前5％、10％、20％中的活性化合物比例等参数进行验证，得出动态药效团筛选效率高的结论。　　最后基于片段替换的分子设计思想，使用Schrodinger计算机辅助药物设计软件包中的Core Hopping模块对5-HT分子进行片段替换，构建待筛选数据库，替换片段来自百灵威GPCR Fragments数据库，通过与实验中已构建的动态药效团进行性质与空间位置比对及分子对接手段，筛选出了一批高选择性的5-HT1B受体激动剂。　　本次课题还构建了另一种GPCR受体——趋化因子受体CXCR4的非肽类抑制剂药效团模型。为了构建其HIV抑制剂功能的模型，本次研究选择了6个结构不同且活性较好的抑制剂作为训练集，然后选择活性抑制剂和非活性抑制剂构成测试集进行测试筛选。结果通过ROC曲线和富集因子计算评估模型的合理性与预测效率。最终得到一个合理可用于CXCR4受体HIV抑制剂的设计。