从1998年第一只规范公募基金引入托管机制开始，我国基金托管行业在近13年的时间里获得了迅猛发展，基金托管银行已成为我国资本市场中的重要机构之一。但与发达国家相比，我国基金托管行业仍属于新兴行业，仍处于发展的初级阶段，在发展过程中还面临着诸多的问题，在很多方面都需要研究和完善。因此加强对商业银行公募基金托管行业的研究和实践，采取合理有效的措施促使该行业快速、健康、稳健的发展，使其成为推动资本市场资源优化配置的重要力量，就成为摆在我们面前的重大课题。本文将以现代产业组织理论作为理论基础，对我国商业银行公募基金托管行业的市场结构、市场行为与市场绩效之间的关系进行考察和研究。通过分析发现，我国基金托管行业由于是在政府的主导下发展起来的，因而初期的市场结构具有典型的寡占型特征，这种市场结构决定了市场行为和市场绩效的低效率。随着我国基金托管市场准入的逐渐放宽，基金托管市场结构将向垄断竞争型市场方向演进，市场结构的变化和市场竞争因素将不断增强，基金托管银行的市场行为也将不断改善，对市场绩效必然产生积极作用。同时政府应引导基金托管行业从政府主导型逐渐向市场主导型方向过渡，构建可竞争的市场结构，增强我国基金托管市场的市场竞争机制，不断提高基金托管银行的管理水平和经营绩效，从而提高整个行业的市场绩效。最后，在本文对基金托管行业分析和积极借鉴国外先进经验的基础上，结合我国基金托管行业发展的具体情况，提出了优化市场机构、促进托管创新，健康发展我国基金托管行业的一些合理化建议。