随着我国经济体制改革的深化，金融在经济中的核心地位日益凸现。中国二十余年的金融发展的历程，呈现出量性增长有余而质性发展不足的格局，金融效率低下。围绕金融效率，对于中国这样一个经济发展呈现明显区域化特征的大国，从区域视角考察金融效率的水平与变动将有助于对金融改革规律的认识。 本文在对金融效率的理论进行梳理后，以商业银行效率为研究金融效率的落脚点，通过DEA(数据包络分析)方法对比得到了全国和上海地区商业银行的技术效率、纯技术效率、规模效率、超技术效率以及Malmquist生产率指数，并通过面板数据模型进一步得到影响我国商业银行效率的因素。结果表明在全国范围内无论是股份制商业银行还是国有商业银行都表现出较低的效率，商业银行效率受到盈利能力、产权结构、成本控制变量的影响。 与之形成鲜明对比的是在上海地区商业银行整体表现出较高的效率，完善的金融体系和充分的竞争格局对商业银行效率产生了显著的影响；实证研究中还发现，上海地区国有商业银行比股份制商业银行效率还略高一筹，这为我国金融体制改革提供了借鉴。在对金融效率的研究基础上，文章提出通过深入金融体制改革和国有企业改革来提高金融效率。