为了实现我国经济长期持续的发展，政府提出了自主创新战略，制定了科技发展纲要，同时明确了企业的自主创新主体地位。本文认为，对企业来说，自主创新本身既不是目的，也不能简化为单纯的技术创新，只有以品牌创新为导向的技术创新，才能实现自主创新的根本目的——增强企业的盈利能力。为此，必须建立起相应的组织，因为组织形式决定了企业的资源配置，只有建立起品牌型组织，才能确保技术创新方向的正确性。通过对创新的理论综述，发现目前的创新理论基本可以划分为技术创新和制度创新两大流派。技术创新学派虽然也意识到市场的重要性，但并没有进一步研究什么样的技术创新能在市场上顺利的实现价值转化。而制度创新学派从宏观层面解决了企业创新的动力问题，从微观层面解释了组织创新对企业效率提高的作用，但也没有进一步研究什么样的组织形式能够保证技术创新的价值顺利转化、从而提高过剩竞争时代企业的资源配置效率。在市场上，只有消费者购买了技术创新的载体——产品，企业的技术创新才能实现价值转化。因而，对有效技术创新的研究，需要从消费者的选择行为入手，本文正是基于此，认为品牌由于形成了单一利益点，能够有效降低目标顾客的选择成本，提高其选择效率。而在过剩竞争环境中，外部顾客的选择效率决定了企业内部的生产效率。因此品牌能够有效提高企业的生产效率。进一步，本文将组织形式变量引入，进行效率分析，通过建立数学模型，得出在供给远远大于需求的竞争环境中，采用品牌型组织的企业资源配置效率最高的结论。最后，提出具体的自主创新的品牌型组织设计策略。本文主要由问题的提出、创新理论综述、有效技术创新研究、引入组织后的效率分析和品牌型组织构建等五部分组成。第一部分在观察和分析事实的基础上界定论文要解决的主要问题，即对企业来说，什么样的自主创新是有效的?如何从组织层面确保创新的有效性?第二部分对现有关于创新的研究成果(包含技术创新和制度创新)进行回顾与分析，指出现有理论在解释和解决现实问题时的欠缺。第三部分在对前人成果有选择性吸收的基础上，证明单纯的从产品出发的技术创新面临着巨大的市场风险，有效的技术创新必须以品牌为导向，从终点顾客的需求出发。第四部分引入企业组织的六种形式，证明品牌型组织是供给远远大于需求的市场环境中，效率最高的组织形式。第五部分对品牌型组织进行微观设计。本文的创新之处在于：提出终点距离系数的概念，运用其对企业组织类型进行了划分，并应用于自主创新的组织问题研究。