【摘 要】
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分子的快速对接方法是理性药物筛选的研究热点之一.该文中的AEDock是在AutoDock2.4基础上开发的分子对接软件.为改善构象搜索的功能,而采用退火进化算法代替AutoDock2.4软件
【出 处】
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中国协和医科大学 北京协和医学院 中国医学科学院 清华大学医学部
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分子的快速对接方法是理性药物筛选的研究热点之一.该文中的AEDock是在AutoDock2.4基础上开发的分子对接软件.为改善构象搜索的功能,而采用退火进化算法代替AutoDock2.4软件中的模拟退火算法(simulated annealing algorithm,SA),因为退火进化算法(annealing evolution algorithm,AEA)综合了模拟退火算法和遗传算法(genetic algorithm,GA)的优点.已证明AutoDock2.4可预测多达8个旋转键的柔性配体与刚性大分子的结合态.采用体积较大,柔性高的HIV-1蛋白酶抑制剂和其它常用分子的测试结果表明,AEDock可成功预测多达13根旋转键的柔性配体与刚性大分子的结合态.Garrett等人使用SA算法,在六个实例中只有在1hvr中没找到比晶体结合态能量更低的态.因此在这被用来比较SA和AEA在搜索最低能量结合态方面的性能,结果表明AEA所需的结合态与SA算法相比要少,成功率却高.
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