由于复杂的历史原因,机关事业单位和企业形成了两种不同的养老保险制度,机关事业单位和个人不需要缴纳费用,退休后养老金却高于个人需要缴纳养老金的企业。随着我国社会主义市场经济的高速发展,两者的待遇差距越来越明显,这影响了社会的公平公正,社会矛盾不断激化,已经到了养老保险制度必须改革的时刻。在这种情况下,国务院发布《机关事业单位工作人员养老保险制度改革的决定》(以下简称《决定》)和《机关事业单位职业年金办法》(以下简称《办法》),正式开展并轨并且进一步细化了双轨制改革的措施。基于此背景,本文首先对相关概念和理论进行阐述,继而运用比较分析法从养老金的筹资方式、计发方法和退休后的待遇水平三个方面研究了机关事业单位退休制度和企业单位养老保险制度的差异性及其带来的影响,并且简要介绍并轨的现状以及执行情况。接下来本文围绕《决定》和《办法》,对我国机关事业单位和企业单位养老保险并轨后制度运行可能产生的问题从五个方面进行研究:一是职业年金问题,二是企业职工养老保险个人账户空账运行问题,三是机关事业单位“中人”问题,四是养老保险基金保值增值问题,五是并轨所面临的转制成本问题。最后针对发现的问题提出了相应的对策建议。比如解决职业年金问题可以依靠完善企业年金制度、将职业年金视为廉政年金、降低养老保险费率的方法;解决个人账户空账运行问题可以依靠由名义账户逐步做实个人账户、提高统筹层次、扩大资金筹集渠道、延迟退休的方法;解决养老保险基金保值增值问题可以通过选择合理的基金运营公司、拓宽基金投资渠道、设定合理的投资组合等途径进行解决。