传统农业系统保留有丰富的遗传多样性,这些丰富的资源在作物稳定性生产和作物育种资源起着重要作用。现代集约化农业快速发展,导致传统农业系统的遗传多样性逐渐丢失,如何在现代集约农业发展的同时,保护存留在农业系统中的遗传资源受到国际关注。分布于贵州从江的“稻鱼鸭系统”具有一千多年的历史,2011年被列入全球重要农业文化遗产系统。本文以传统农业“稻鱼鸭系统”中的水稻为研究对象,通过实地调查了解分布在“稻鱼鸭系统”的水稻品种情况,结合田间试验,运用形态标记和分子标记对水稻的地方品种进行分析,探讨传统农业中水稻的遗传多样性和遗传结构。研究主要发现了以下结果:1、从江“稻鱼鸭系统”及水稻种植从江县“稻鱼鸭系统”分布广泛,稻田中种植的地方品种丰富多样。在我们所调查的13个自然村中,稻田共分布有水稻品种共107个。2、从江水稻遗传多样性分析用15对SSR引物检测样本遗传多样性,多态性位点比例100%,共检测到等位基因97个,每个位点等位基因变幅为2~15,平均等位基因数为6.5;平均有效等位基因数为2.305;基因遗传多样性指数变异范围为0.587~1.352,平均多样性指数0.837;平均期望杂合度为0.493。SSR等位变异频率的变化范围是0.0029~0.6971,高频率的等位基因较多,等位变异频率≥0.05的占62.86%,≥0.01的等位变异频率占94.29%。基于贝叶斯的Structure分析表明从江水稻地方品种可分为四个遗传组,各群体间没有形成相对独立的遗传结构。AMOVA分析表明95%的遗传变异来自群体内。通过Mantel检验认为地理距离和遗传距离具有相关性,表明该地区的种群结构服从“IBD”模型,种群基因流受地理隔离的限制。3、从江水稻表型多样性分析整体样本的谷粒特征表明,从江水稻大致有四种类型,分别是阔卵、短芒;长卵、无芒;椭圆、长芒;椭圆、中等芒长。芒长变异非常大,变异系数达265.08%。从整体来看,谷粒长和谷粒宽的分化程度不是很高(0.0606、0.0174),但是品种间的谷粒长、谷粒宽和谷粒形状的多样性指数较高,平均多样性指数1.3748。田间试验也表明,水稻形态性状中,除芒长变异较大外(CV=148.02%),其它性状如株高、剑叶长、倒二叶长等变异相对较小(CV=4.52%~15.73%);分析的水稻品种样本中,性状的多样性较高,平均多样性指数达1.8447;各性状之间存在较大的分化(平均0.3941)。聚类分析表明,水稻性状可分为5类:Ⅰ类为半矮秆,剑叶、倒二叶、穗抽出度、穗长均较短,二次枝梗少,谷粒阔卵形,芒长中等的一类;Ⅱ类为高秆,剑叶较短,倒二叶、穗抽出度、穗长长,二次枝梗多,谷粒阔卵形,无芒的一类;Ⅲ类为矮秆,剑叶、倒二叶较短,穗抽出度短,穗长长,二次枝梗少,谷粒椭圆形,无芒的一类;Ⅳ类为高秆,剑叶、倒二叶短,穗抽出度长,穗长短,二次枝梗较多,谷粒阔卵形,无芒的一类;Ⅴ类为高秆,剑叶、倒二叶、穗抽出度、穗长均较长,二次枝梗多,谷粒阔卵形,芒长很长的一类。