“三农”问题是国家当前需要重点关注和亟待解决的问题。我国在2016年已经全面完成“营改增”,作为“结构性减税”重要举措,农产品税收问题,在促进农村发展、改善农业发展结构、增加农民收入方面具有重要意义。在处理农产品征税问题上,一直离不开对税收法律的运用。在农产品纳税主体中,小规模纳税人与一般纳税人规定不同,国家对小规模纳税人实行减税制度,但同样导致对税收中性原则的破坏;财税2017[37]号文规定,减并增值税税率结构,取消13%的增值税税率,即农产品纳税人销售或进口货物,税率按照11%计算。但纳税人购进用于生产销售或委托受托加工17%税率货物的农产品维持原扣除力度不变,由此导致农产品加工企业纳税问题突出等。本文通过访谈式的调研方法,对陕西三家以农产品为主营业务的小微企业在全面完成“营改增”后的情况进行了调查,并对其税负中存在的法律问题进行梳理研究。在农产品“营改增”全面完成后,对农产品税收存在的问题,笔者提出,可以通过完善财税法治、转变农产品小规模纳税人身份、减并税率档次等几个方面的浅显建议,希望对我国实践中农产品纳税问题有所裨益。