社区获得性肺炎病原学及呼吸道病原体快速检测法的研究

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目的:  由于病毒分离鉴定方法的局限,临床上对社区获得性肺炎(community-acquired pneumonia,CAP)的病原体的检测存在一定的局限性,CAP患者的病因往往不甚清楚。通过研究CAP在流感流行期间的病原学特征以及评估呼吸道病毒快速检测方法FilmArray在诊断CAP中的临床意义。  方法:  筛选经过X-线诊断证实的CAP患者145例,收集其下呼吸道的样本。实时PCR方法测定呼吸道病毒并用常规培养鉴定方法检测呼吸道样本中的细菌(或真菌)。另外选取74例CAP患者,进行FilmArray Respiratory Panel(RP)快速检测方法和Real-time PCR检测方法的方法学比较。  结果:  在145例CAP患者中,有46例(31.72%)为单一细菌感染,26例(17.93%)为单一病毒感染;21例(14.48%)是病毒-细菌共同感染;其余52例(35.86%)CAP患者是未鉴定出病原体的。引起CAP感染的细菌类型中最常见的是鲍蔓不动杆菌,肺炎克雷伯菌和酵母菌,而引起CAP感染的病毒类型中最常见的是甲型流感病毒。在这些患者中,细菌(或真菌)与非流感病毒的共感染的现象比细菌(或真菌)和流感病毒共感染更常见。从临床表现的数据来看,在细菌(或真菌)组和病毒组之间,发烧和咳嗽这两个临床症状比其他的症状显著的增高(发烧:P=0.003,咳嗽:P=0.000)。但在细菌(或真菌)组与共感染组的比较中,仅仅咳嗽有显著的差异(P=0.005)。比较流感感染组与非流感感染组,仅在单独感染流感组中发现病人有咽部不适,并且在单独感染流感组中有更多的患者有发烧和咳嗽的临床表现。从血常规的数据来看,非流感组的WBC计数高于流感组,并且在与细菌(或真菌)共感染的非流感组中WBC的计数最高;病毒组的白细胞计数(WBC)显著低于细菌(或真菌)组(P<0.01)、共感染组和病因未明组(P<0.01)。在方法学评价中,总共检测到有15个病毒标本。通过FilmArray RP检测到的病毒数为12个,阳性率为80%;通过Real-time PCR方法检测到的仅3个阳性,阳性率为20%。Flu A,Flu B,229E,OC43, HKU1,NL63,MPV,PIV1和PIV2的病原体检测中,两种方法检测率是100.00%符合率。在FilmArray RP阳性/ PCR阴性的结果中,有3例RSV,6例HRV和3例ADV,而PCR阳性/FilmArray RP阴性的结果中,有1例PIV3和2例RSV。我们的研究发现,FilmArray RP检测双重病毒感染的检测率高于Real-time PCR。在14个(18.90%)标本中发现混合的病毒-细菌感染。  结论:  研究发现,即使在流感流行季节,非流感的其他呼吸道病毒仍有较高的发病率,这在CAP诊断中是容易被忽略的。常规的实验室生物标志物在诊断CAP的中没有特异性,往往依赖于症状,从而缺乏有效和及时的治疗。这可能是混合感染细菌(或真菌)和非流感呼吸道病毒的CAP患者预后较差的原因。我们的研究结果表明,FilmArray Respiratory Panel(RP)方法在检测CAP临床标本中具有快速/特异性高等特点,对指导CAP患者的抗生素/抗病毒治疗方法的选择,防止抗生素的滥用,有重要的临床意义。
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