近四十年以来,改革开放为我国的经济发展提供了新的生机,在看到如此骄人成绩的同时,我们不能忽视因为发展经济而带来的环境的污染与破坏。如若不对日益恶化的自然环境采取保护措施,那么,资源的枯竭和环境的污染将会成为制约经济发展的一个重要因素。可持续发展战略作为我国一项重要的治国方针,其最基本的要求,也是其最终的目的,是希望人与自然能达成一个和谐统一、融洽共处的关系,建设环境友好型社会。近些年来,政府为此也采取了很多措施,其中一项便是设立了环境保护专项资金,并且加大了对其的财政下拨力度,但是只有高效合理利用专项资金,才能真正发挥其作用,那么如何保证环境保护专项资金得到高效合理的使用和管理便是本文研究的重点,高水平的审计工作是保证环境保护专项资金高效合理使用和管理的重要前提。本文围绕着如何对环境保护专项资金进行有效审计和完善相关的审计工作展开论述,在前人的研究成果及相关理论基础的帮助下,通过分析我国环境保护专项资金审计的研究和实践现状以及审计流程,找到其可能存在的问题及原因,并提出相对应的解决对策。而后,以审计署对18个省883个水污染防治项目审计为例,结合前文的研究结论,对这883个水污染防治项目审计进行问题及原因分析,并提出具体措施和建议。