2014年是改革开放的第36个年头，在这将近四十年的时间里，中国在四项基本原则之下，走上了快速的工业化道路，开采和利用各种自然资源、能源为工业的发展提供原材料，经济与社会的发展得到了长达几十年的高速并且粗放型的增长。　　在这个时期，中国社会的经发展处在一个财富的积累期，而资本积累期的经济发展往往意味着对自然资源的大肆开采和利用，这就导致了大自然的资源在转化的过程中最后以污染物的方式又再次回到了自然当中，工业对资源的开采所导致的资源在自然界的转化速度远远超过了自然界本身对于资源消耗所造成的污染的净化速度。当自然环境的新陈代谢达到一定极限的时，健康的生态环境开始遭受破坏，表现为空气、土壤、地表地下水的立体式污染。2014年的秋天，北方的中国，雾霾如约而至，出行的人们又需要把口罩作为出行的必备品。踩在脚下，我们会发现地表的土壤和水的污染与雾霾影响同样重大。2013年底，长三角地区，由上海牵头成立长三角区域大气污染防治协作机制，到2014年底，这项机制收到的成效超过预期，为协作治理跨区域环境污染提供了实质性的榜样。　　目前，中国大部分的地表水和土壤存在着不同程度的大面积污染，河流湖泊的污染首当其冲。河流界限和行政区界限之间的矛盾，造成了河流污染治理和保护在法律法规、管理制度和技术操作等各方面存在各种障碍和问题。随着社会事务管理的日益复杂化和多元化，传统的管理思想理念、行政职能分化和技术系统已经无法应对新形势下的多维度问题。在这样的背景下兴起于后新公共管理运动时期的整体性治理思想对这些问题予以了回应，它强调的就是从理念机构体系、制度管理和技术等方面硬和软的环境整合，来解决综合性问题。因此，本文就结合整体性治理思想来探讨对跨行政区域水域污染治理中地方政府协作治理的保护指导理念和意见。