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梅(Prunus mume Sieb. et Zucc)是我国的传统名花,在中国园林及花文化中有着举足轻重的地位和影响。目前国内对梅花的研究重点主要是遗传育种和栽培方面;在分子标记方面的研究有所开展,还需进一步深入和完善。为进一步揭示梅花品种间的亲缘关系,加强梅品种资源的研究、保护和利用,为梅品种的分子标记辅助育种打下技术基础,本研究优化了适宜于梅花DNA的提取技术,筛选了适用于梅花AFLP标记和cpSSR标记的引物,得到了稳定、清晰、分辨率较高的指纹谱带,建立了229个梅花栽培品种样品的DNA指纹图谱和48个梅花样品的cpDNA指纹图谱。以从260对随机引物组合中筛选出的引物组合E-CAC/M-ACC建立了229份梅花栽培品种样品的核DNA指纹图谱,通过遗传相似性聚类的结果可直观反映品种间的相似程度。结果表明:AFLP标记对供试梅花品种,特别是一些形态学特征相似的品种的区分能力很强,能够检测到一些细微的差异。利用从13个特异cpSSR引物中筛选出的来自烟草叶绿体的特异引物NTCP9建立了48份梅花栽培品种样品的cpDNA指纹图谱。遗传相似性聚类结果分析显示了梅花起源和进化的复杂性,为研究梅花品种的亲缘关系提供了新的思路和参考。比较AFLP和cpSSR两种技术在梅花品种分子标记上的应用,发现AFLP技术对梅花品种的区分能力很强,适合于梅花品种鉴定;cpSSR的品种鉴别能力不如AFLP,但可提供叶绿体基因组单亲遗传信息,为研究梅花品种的亲缘关系提供新的思路。同时,在采用分子标记技术进行梅花品种的鉴定和亲缘关系分析时有必要使用多对引物组合,并需与形态学研究等有机结合,以确保鉴定结论的可靠性。