自20世纪80年代中期以来，农业合作经济组织在云南省农村各地悄然兴起，并迅速发展起来。农业合作经济组织是农民社员共同所有、民主控制、经济参与并受益的经济组织。其发生和发展是农村基本经济制度及其经营体制在新的历史时期既具必然性又具时代性的制度变迁及创新，对推进云南省农业结构调整、发展专业生产、推广技术标准、连接市场、组织销售、提高农业的综合效益、增加农民收入发挥了重要的作用。但是由于我国合作经济组织发展的历史不长，再加上过去在农业合作化方面走过弯路，云南省合作经济组织的建设还远远落后于发达国家和发达省份，合作经济组织的发展仍然受到各种因素的制约，其中治理结构的不完善则是制约其发展最为关键的因素。这就迫切要求我们通过调查研究，不仅在理论上进一步探讨完善云南省合作经济组织治理结构的措施和对策，更要加强在实践上帮助指导，加快云南省农民合作组织的发展进程。为此，本论文以新制度经济学为主要分析工具，以国内外最新的合作经济组织理论研究为基础，对云南元谋县、昆明呈贡县、玉溪市、大理市、大理洱源县、玉溪新平县、玉溪通海县、玉溪元江县等八县市的花卉产业、乳业、果蔬业和养殖业等四大产业，20多家合作经济组织进行了实地调查和访谈，对云南省各类农业合作经济组织在治理结构方面存在的问题进行了系统的整理和分析，从而在理论和实践上给出问题存在的原因，力求形成一个比较系统的、富有阐释力的理论解说。在深入研究了我省合作经济组织治理缺陷以后，本文还对当今国际社会上合作经济组织治理结构发展的新动态和趋势给予了归纳和分析，并根据云南省实际的情况，对一些具有很强借鉴意义的经验和做法进行了总结。最后本文在综合了国内外合作经济组织发展的经验的基础上，立足于云南合作经济组织发展所面临的特殊环境，提出了进一步完善合作经济组织治理结构的对策和措施。