AFLP是以PCR为基础的，是扩增性片断长度多态性的简称，它是RFLP和PCR相结合的一种标记技术，其基本原理是对基因组DNA限制性酶切片段的选择扩增。AFLP的基本技术流程包括模板DNA的制备、酶切片段的扩增和扩增产物的凝胶电泳分析三个步骤。AFLP是一种新颖和强大的DNA指纹技术，结合了RFLP、RAPD的优点，具有高效、快捷、稳定、可靠的特点。我们对香榧的AFLP反应的各个不同阶段进行了优化，发现模板的质量将影响充分酶切以及以后的连接扩增反应。香榧基因组DNA最佳酶切反应体系：DNA总量为500ng，反应体积为25μL，缓冲液为3.5μL，EcoRI为10U，MseI为8U。酶切反应各组分的缺失实验表明，10×Y+／Tanqo_IM Buffer比DTT和HPLC Water更重要。酶切反应中双酶切比单酶切的效果更好，而适当增加MseI的浓度可得到较小的酶切片段。酶切时间大于等于15小时的酶切效果为最好，通过增加酶切时间可提高酶切效果。酶切反应在15℃时达到最佳效果，在4℃、20℃也有很好的效果。当大于20℃时，增加反应温度反而降低了酶切反应的产物，不利于酶切反应的进行。连接反应在反应温度为15℃、，T₄DNA ligase浓度为10U时达到最佳效果。而连接反应成分的缺失对于连接反应影响很大，连接反应产物的条带模糊不清，甚至缺失。我们所得到的香榧聚丙烯酰胺凝胶电泳图表明，聚丙烯酰胺凝胶电泳图能达到很高的分辨率，存在许多清晰的条带，但在小圆榧之间没能找到多态性，这与前人的研究是一致的。对于重要林木栽培树种分子遗传图谱的构建，构建分子遗传图谱时应谨慎从之。