本文通过对建国以来全国财政体制变迁的宏观分析，以及对分税制改革后福建省县级财政进行实证考察，把分税制改革与县级财政困难放在整个中国经济体制转轨的大环境下，运用制度变迁理论、市场经济理论、公共财政理论三大理论解剖我国渐进式的分税制改革下县级财政问题。得出了这样一个中心观点：县级财政困难的成因，是由我国渐进式的分税制改革的制度缺陷造成的；分税制造成县级财政困难的主要制度缺陷表现在三个方面：其一，分税制改革下县级政府事权划分的错位导致县级财政公共支出的恶化；其二，分税制改革下税收分割的失衡导致县级财政规模缩小，难以满足相应事权的实现；其三，分税制改革下转移支付制度的严重滞后使得县级财政失衡加剧、财政赤字难以弥补。而造成以上制度缺陷的根源是渐进式的分税制改革的严重路径约束，是由于高度集中的政治体制和计划经济体制下集权的惯性。因此，要从根本上治理县乡财政困难，一方面要求对分税制进行完善与创新，另一方面也要求整个政治、经济体制改革的全面推进，为分税制度的改革与实施提供一个优良的政治经济制度环境。