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肉质性状是畜禽生产中最重要的经济性状之一,因而近年来对影响畜禽肉质性状基因的研究已成为动物分子遗传育种工作的热点。组织蛋白酶（cathepsin）家族属于半胱氨酸蛋白酶类,它不仅能水解肌纤维中的蛋白,而且还能使动物的结缔组织变松散,进而影响到肉的嫩度。在猪、牛和鱼类的有关研究结果表明,组织蛋白酶基因家族成员可以作为影响畜禽的肉质性状候选基因,但在山羊方面却未见有类似报道。本研究运用RT-PCR结合克隆测序方法分别获得了天府肉羊CTSL基因、CTSH基因、CTSF基因的全编码区序列。结果显示,天府肉羊CTSL基因长1103bp包括有1005bp的开放阅读框,编码334个氨基酸,序列提交得到登录号：KF953544.1。CTSL氨基酸存在信号肽,含有17个磷酸化位点,属于亲水性非跨膜蛋白。序列预测表明CTSL氨基酸序列含有两个保守的结构域,即inhibitor129结构域和PeptC1结构域。氨基酸序列同源性分析显示天府肉羊CTSL氨基酸序列和其它哺乳动物之间有很高的相似性。氨基酸序列同源性分析和系统进化分析显示天府肉羊CTSL与绵羊CTSL具有很近的遗传关系。CTSL的二级结构以a螺旋和无归卷曲为主。天府肉羊CTSH基因长1043bp包括有1008bp的编码区,编码335个氨基酸,序列提交得到登录号：KJ650499。CTSH氨基酸存在信号肽,有11个磷酸化位点,属于亲水性非跨膜蛋白。CTSH也含有inhibitor129结构域和PeptC1结构域。氨基酸序列同源性分析和系统进化分析显示天府肉羊CTSH和其它哺乳动物的CTSH有很近的遗传关系。CTSH二级结构以a螺旋和无归卷曲为主。天府肉羊CTSF基因长1477bp包括有1383bp的编码区,编码460个氨基酸,序列提交得到登录号：KJ650498。它含有28个磷酸化位点,存在信号肽序列,属于亲水性非跨膜蛋白。氨基酸序列同源性分析和系统进化分析显示天府肉羊CTSF与牛和绵羊的CTSF具有很近进化关系。CTSF二级结构以a螺旋和无归卷曲为主。实时荧光定量分析了12月龄天府肉羊CTSL基因、CTSH基因和CTSF基因在心肌、肝脏、肺、肾脏、胸肌、腹殖肌、股二头肌和膈肌等8个组织的相对表达情况,及其在1日龄、6月龄、12月龄和18月龄阶段天府肉羊的肺和股二头肌组织中相对表达的情况。结果显示,CTSL基因、CTSH基因和CTSF基因在8个组织中都有表达,且都是在肺中的表达量最高。在肺中,3个基因的相对表达量都是随年龄的增加而呈现先升高再降低的趋势：在股二头肌组织中,CTSL基因和CTSH基因随着年龄的增长在股二头肌中的相对表达量呈现先降低再升高的趋势,CTSF基因的相对表达量则呈现先升高再降低再升高的趋势。蛋白质免疫印迹（Westren Bloting）分析了CTSH蛋白在12月龄天府肉羊8个组织中的相对表达情况。结果显示,在所有8个组织中都检测到了有表达,股二头肌的相对表达量最高,极显著高于其它所有组织（P<0.01）；然后依次是胸肌、肝脏、肾脏、腹殖肌、膈肌、心脏和肺。