当前形势下，人民生活水平不断提高，人们在注重经济增长的同时，却忽视了环境保护与环境价值的重要性。面对日益严重的资源破坏与环境问题，建立自然保护区成为了生物多样性保护和生态服务功能恢复的最重要的措施之一。但是建立自然保护区对当地居民的生活生产也有一定的影响，因此建立有效的自然保护区生态补偿机制迫在眉睫。生态补偿是目前国内生态学和经济学研究领域的前沿科学，而自然保护区的生态补偿则是保护区谋求社会经济发展和自然资源保护的关键。所以建立并完善生态补偿机制，提出合理的补偿措施，尽可能做到权利、责任的均衡已经成为亟待解决的问题。　　 深圳大鹏半岛自然保护区位于深圳市东部滨海地带，是该市目前面积最大、保存最为完好的生态乐土。2007年至2010年深圳市政府向自然保护区范围内的当地原村民提供每人每月500元的生态补偿金，针对延长生态补偿时间和提高生态补偿标准等问题，如今市政府会同相关部门正着手进行研究。　　 本文以深圳大鹏湾自然保护区为研究对象，通过利益相关者分析和问卷调查，确定该自然保护区生态补偿的主体与客体;通过计算和修正自然保护区生态系统服务功能价值量，并结合社区居民的意愿调查，制定自然保护区生态补偿的标准;通过问卷调查和统计分析，明确自然保护区生态补偿的方式以及资金来源;在借鉴湿地生态系统服务分类的基础上，尝试构建了深圳大鹏半岛自然保护区湿地生态服务价值评价体系，运用目前国内外较为成熟的湿地生态服务价值评价理论和评价方法以及湿地相关调查。研究表明:深圳大鹏半岛自然保护区的生态系统服务功能总价值为2018.03万元/年;生态补偿主体包括各级政府、受益企业和公司，补偿客体为退耕还林的社区居民和保护区管委会;生态补偿标准制定为42329元/(km2.a);生态补偿方式以现金补偿为主;补偿资金主要来源于上级财政转移支付和中央财政专项基金;最后提出了自然保护区生态补偿机制的保障措施。