生物条形码技术是一种快速，可标准化、自动化，全球化的分类鉴定工具。从它发现并应用以来已经在很多生物类群众得到了很好的应用（例如在鱼类、鸟类、鳞翅目物种还有少数的小型哺乳如蝙蝠等）。亚洲特别是东南亚地区因其得天独厚的复杂地理生境在全球生物资源系统中占有极其重要的地位，这里生存着无论是种类还是数量都极其丰富的哺乳动物，中国有着许多独有的珍惜哺乳动物物种，其条形码研究还很欠缺，因而对中国及东南亚国家哺乳动物条形码的研究是很有必要的。　　 本研究应用生物条形码技术对亚洲哺乳动物中的灵长目、食肉目和偶蹄目其中的19科，64属，76种物种535个个体加上从NCBI上下载的126条序列共661个个体进行研究。实验测得的C01序列长度为658bp，碱基组成分析显示灵长目、食肉目、偶蹄目的AT含量均略高于GC含量，这是符合哺乳动物碱基偏好的的。种内遗传距离平均值灵长目为1.83％、偶蹄目为1.47％、食肉目为0.89％，均小于Hebert2004年提出的种内遗传距离标准:2％，并且种内种间的遗传距离食肉目存在10倍关系，而灵长目和偶蹄目种间遗传距离距离远小于种内遗传距离的10倍。在本研究中条形码鉴定物种的准确率灵长目达到92.7％、偶蹄目达到100％、食肉目达到100％。在系统发育树的构建中，我们发现其中灵长目和食肉目中均有一种物种（普通猕猴、虎）在系统发育树上分为两枝其中一枝是与本属另一个物种聚为姐妹枝。在我们的研究中，94％的物种条形码鉴定的物种结果与传统分类学鉴定结果一致。在灵长目中有两个物种（熊猴、小懒猴）未鉴定出来，有待于应用更多的分子标记进行研究。在本次研究中我们纠正了11个采样时鉴定错误的样品。