背景:LncRNA是一种长度大于200个核苷酸的RNA,没有编码蛋白的阅读框,不能进一步翻译成为蛋白。目前研究表明LncRNA参与胃癌发生以及发展,有关LncRNA甲基化在胃癌中的作用和机制研究尚少。本组前期研究发现,LncRNA C5orf66-AS1在胃癌、尤其是早期胃癌的表达明显降低,其调控机制尚不清楚。目的:探讨胃癌中C5orf66-AS1启动子甲基化状态与基因表达、胃癌发生风险、临床病理参数以及预后的相关性。方法:68对胃癌及癌旁对照组织收集自2012-2018年中国医科大学附属第一医院接受手术治疗的胃癌患者。采用亚硫酸盐测序PCR法（Biosulfite Sequence Polymerase chain reaction,BSP）检测C5orf66-AS1基因启动子甲基化。采用MannWhitney U检验比较胃癌及癌旁对照组织间的甲基化差异;Mann-Whitney U检验和Kruskal-Wallis检验分析甲基化与临床病理参数之间的关系;Spearman秩相关分析甲基化与表达之间的相关性;COX回归模型用于预后分析。利用RNAInter数据库检索与C5orf66-AS1存在相互作用的蛋白,JASPAR数据库筛选与C5orf66-AS1启动子区DNA序列结合的转录因子,GEPIA数据库分析转录因子在胃癌中的差异表达及其与C5orf66-AS1共线性。结果:胃癌组织C5orf66-AS1启动子区平均甲基化率（AMR）和26个单一Cp G位点甲基化率均明显高于癌旁对照组织（均P<0.05）。C5orf66-AS1甲基化水平与患者年龄相关,<60岁组AMR显著高于>60岁组（P=0.043）,其中M5、M7、M8、M10,M13、M14、M16、M23、M25和M26位点差异具有统计学意义（均P<0.05）。男性M9、M11、M18位点甲基化率明显高于女性（P=0.027）。M3、M5位点甲基化率与癌周淋巴细胞浸润显著相关;M7,8,9,10,11,12,13,15位点甲基化水平与胃癌组织学分型明显相关。C5orf66-AS1启动子区AMR与基因表达（P=0.707）、胃癌预后（P=0.251）无显著相关性。生信分析结果显示,TFAP4、MYB、TFDP1、NFYA、HES1、RFX5、TCF3、HNF4A和ELK1为可能与C5orf66-AS1启动子区甲基化位点结合的转录因子,且与C5orf66-AS1存在相互作用。结论:C5orf66-AS1启动子区异常高甲基化可增加胃癌发病风险,与癌周淋巴细胞浸润、组织学分型相关,可能通过影响特异性转录因子结合发挥作用。C5orf66-AS1启动子区甲基化具有诊断胃癌的良好效能,有望成为胃癌诊断标志物,为胃癌精准治疗提供线索。