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闽南地区拥有丰富的生物物种多样性，药用植物资源尤其丰富，是我国重要的天然药物产地。一直以来,中药材来源于野生药用植物,大量的采挖导致药材野生资源急剧减少,甚至频临灭绝，加之人工栽培技术落后等原因，造成药用植物种质退化、质量下降、入药性质不稳定。丛枝菌根（Arbuscular mycorrhiza,AM）真菌是一类土壤有益真菌，对植物具有广泛的侵染性，能与80%以上的陆生植物形成丛枝菌根。本文采用湿筛倾析—蔗糖离心法分离土壤中AM真菌孢子，并通过形态特征进行鉴定。调查闽南地区55种药用植物AM真菌资源分布情况、侵染率及其多样性，以期为实现AM真菌生物技术应用于中药材规范化种植提供种质资源和理论依据。主要获得以下试验结果：（1）55种常见药用植物根围土壤中分离鉴定出AM真菌5属91种，其中球囊霉属54种、无梗囊霉属20种、巨孢囊霉属5种、盾巨孢囊霉属10种、原囊霉属2种。（2）闽南地区AM真菌资源非常丰富。厦门、漳州、泉州三地土样中均发现球囊霉属、无梗囊霉属、盾巨孢囊霉属、巨孢囊霉属。厦门地区土样未发现原囊霉属。球囊霉属种类最多，无梗囊霉属次之，巨孢囊霉属和原囊霉属所占比例较少。闽南地区共有优势种为Glomus melanosporum。（3）宿主植物不同，其AM真菌侵染率和孢子密度存在差异。厦门、漳州、泉州地区药用植物AM真菌侵染率分别是53.29%、58.90%、67.21%，孢子密度（每100g土）1157.14、1004.5、787.5个。（4）厦门、漳州、泉州地区药用植物AM真菌Shannon-Weiner指数H分别是2.66、1.45、1.23；种的丰度SR分别是15.43、9.65、7.46；均匀度J分别是0.659、0.657、0.651。（5）药用植物根围AM真菌多样性与土壤因子密切相关。漳州地区AM真菌侵染率与速效钾、电导率极显著负相关、与有机质显著正相关，孢子密度与有机质极显著正相关，种的丰度与碱解氮著正相关、与有机质极显著正相关；泉州地区种的丰度与含水率极显著负相关。（6）漳州地区Shannon-Weiner指数H与pH值极显著负相关；泉州地区Shannon-Weiner指数H与含水率极显著负相关、与电导率、Mn极显著正相关、与速效磷、有机质显著正相关；均匀度与速效磷、电导率、Mn极显著正相关、与pH显著正相关。