胃癌相关炎性基因miRNA结合靶点内SNPs生物信息学分析与miR-328初步研究

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目的炎症是导致胃癌发生的一个重要因素,miRNA与炎性基因结合对胃癌的发生发展具有一定正向或负向调节作用。目前miRNA与胃癌相关炎性基因3’端非翻译区单核苷酸多态性(SNPs)研究不够深入、全面。本研究初步筛选出胃癌相关炎性基因miRNA结合靶点内的SNPs及相关miRNAs,以及SNPs对miRNA结合位点的影响,为后续胃癌的病例对照研究、miRNAs功能及其靶序列SNPs的验证研究提供一定的理论数据,并对筛选出的miR-328与胃癌相关慢性炎性基因IL10RB的关系进行初步研究。方法结合现有国内外文献数据库,检索胃癌相关炎性基因,在database SNP数据库中筛选这些炎性基因3’端非翻译区(3-untranslated region,3’UTR)在中国人群中的SNPs,采用生物信息学方法及miRNA靶位点预测软件预测这些基因的SNPs是否位于miRNA结合位点内。基于上述预测结果以及课题前期对IL10RB与胃癌关系的研究,采用分子克隆技术构建miR-328过表达载体pGenesil-1-miR-328结合miR-328抑制剂,以及各自的对照,分别转染胃癌细胞SGC7901,提取细胞总RNA,进行反转录和realtime PCR实验,分别检测miR-328和内参基因U6以及IL10RB和内参基因GAPDH的表达,实验数据以均数±标准差表示,用SPSS21.0统计软件对miR-328和IL10RB的相对表达进行两独立样本的t检验分析,检验水准α为0.05。结果(1)通过数据库文献检索与胃癌相关的炎性基因有72种,其3’UTR有单核苷酸多态性的基因有47种,SNPs有99个,使用生物信息学方法及miRNA靶基因预测软件发现有47个SNPs位于miRNA结合位点内,相关的炎性基因有25种,相关的miRNAs有95个。(2)通过预测发现IL10RB基因可能是miR-328的靶基因,构建miR-328过表达载体,酶切鉴定及测序分析均表明过表达载体pGenesil-1-miR-328构建成功。(3)t检验分析发现miR-328过表达载体和抑制剂成功转染SGC7901,miR-328在过表达载体pGenesil-1-miR-328组与空载体pGenesil-1组的相对表达量分别为3.17±0.31和0.26±0.05(P<0.001),在miR-328抑制剂组与抑制剂对照组的相对表达量分别为0.12±0.04和1.05±0.29(P=0.005),差异均有统计学意义。而IL10RB在在过表达载体pGenesil-1-miR-328组与空载体组的相对表达量分别为0.52±0.02和0.78±0.21(P=0.097),在miR-328抑制剂组与抑制剂对照组的相对表达量分别为1.02±0.02和0.83±0.12(P=0.054),差异均无统计学意义。结论生物信息学方法可以识别一系列胃癌相关炎性基因的SNPs及相关miRNAs。靶基因3’UTR SNP可以破坏或产生新的miRNA结合位点,也可增强和减弱miRNA与靶基因结合的能力。慢性炎性基因IL10RB基因可能不是miR-328的靶基因。
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