【摘 要】
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禽传染性支气管炎(IB)呈世界广泛流行,是危害养鸡生产最严重的病毒性传染病之一。由于禽传染性支气管炎病毒(IBV)很容易发生变异,导致新的变异株不断出现,且不同毒株之间交叉
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禽传染性支气管炎(IB)呈世界广泛流行,是危害养鸡生产最严重的病毒性传染病之一。由于禽传染性支气管炎病毒(IBV)很容易发生变异,导致新的变异株不断出现,且不同毒株之间交叉保护力弱,使该病经常在免疫和非免疫的禽群爆发,造成了严重的经济损失。禽传染性支气管炎病毒疫苗株H120是一株应用较早并具有代表性的IBV疫苗,至今仍在广泛的使用。本研究对IBVH120株的全基因组进行了序列测定和分析,对从分子水平研究IBV的基因组结构、变异和IBV的反向遗传学研究奠定基础。根据GenBank上公布的IBV基因组序列,经多重比较后设计18对引物,用RT-PCR方法对IBV疫苗株H120的全基因组进行分段扩增、克隆和序列测定。测定结果表明,H120基因组全长27631bp,包含有10个开放阅读框(ORF)。Gene 1包括2个开放阅读框,ORFla包括11802 nt(529-12330位)和ORFlb包括7959 nt(12405-20363位),分别编码3934和2653个氨基酸。Gene 2,包括3549个碱基(20254-23799位),含有一个开放阅读框(3 489nt)编码1163个氨基酸。S1基因包括1596个碱基(20314-21909位),S2基因有1890个碱基(21910-23799位),分别编码539和630个氨基酸。Gene 3为23771-24479位(709nt),包括3个开放阅读框：3a(174nt),3b(195nt),3c(330nt),分别编码5764和109个氨基酸。S基因和Gene 3有32个碱基重叠。Gene 4 (M基因)为24366-25128位(763nt),只有一个开放阅读框(678nt)编码225个氨基酸。Gene 5(25471-25930位)包括2个开放阅读框：5a(198nt)和5b(249nt)分别编码65和82个氨基酸。Gene 6(N基因)为25772-27102位,含有一个开放阅读框(1230nt),编码409个氨基酸。H120全基因组序列与GenBank上公布的其他15株IBV基因组序列的同源率在84.6-99.8%之间,与ZJ971的同源率最高99.8%。整个基因组中5’-UTR为最保守的区域,其同源率在91.5-99.6%之间,3’-UTR最不保守,同源率在49.9-99.6%之间。系统进化分析结果表明H120株与ArkDPI谱系的亲缘关系较近。本研究对H120全基因组序列进行了测定和分析,丰富了IBV的全基因序列生物信息数据库,为进一步对从分子水平研究IBV的强弱毒株的基因组功能、流行进化等具有重要意义。
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