世界各国证券市场发展已有百年历史,取得举世瞩目的成就,但与此同时,控股股东侵害小股东利益的问题却始终存在。根据国内外学者大量研究表明,相对于美、英等发达国家资本市场,发展中国家资本市场的控股股东侵害程度更为严重。控股股东侵害小股东利益的手段复杂多样,具体表现为关联交易、资金占用、股权稀释等,严重损害了小股东的投资信心和投资热情,因此,加强小股东利益保护,维护证券市场健康发展迫在眉睫。本文结合中国证券市场特性,系统分析了控股股东侵害小股东利益的表现形式、手段、危害、原因及制度根源。并通过研究表明,我国国有股一股独大,谋求控制权私有收益,从而导致我国证券市场控股股东侵害小股东利益现象极为严重。为此,必须进行公司内外治理机制的改善和法律制度规范,以此规范控股股东行为,保护小股东利益。本文通过实证分析证实了我国上市公司在配股过程中存在大股东利益侵害问题。我国上市公司在配股过程中,普遍存在着控股股东高溢价配股、放弃配股、配股后公司未来收益率下降的情况。本文就此现象通过对不同股权结构公司的配股行为选择进行对比比较分析,考察公司控股股东在再融资过程中与小股东之间可能存在的利益冲突。通过实证分析得出:我国大部分上市公司配股的目的并不是为了公司未来业绩的改善,而是为了圈钱侵害中小股东的利益。我国上市公司股权结构高度集中,尽管在股权分置改革过程中这一现象得到缓解,但仍然大大高于其他发达国家证券市场上市公司水平。因此,应营造一个宽松的资本市场运行环境,建立宏观和微观两个层次的利益协调机制。建立和健全国有资产管理体系,实现国有资产产权明晰并完成清产核资,加强治理结构、改善上市公司经营业绩等。加大监管机构的执法和惩罚力度,提高监管效率。通过建立健全相关法律法规,保障中小股东合法权益不受大股东的侵害。