科研机构和高校在知识创新体系中都有着举足轻重的地位。科研机构侧重于应用科学的研究,高校侧重于基础科学的研究,二者基于资源和能力的科研合作促进基础研究成果向应用研究转化,是知识创新的一个重要途径。科研机构与高校简历紧密的关系可以增强一国知识创新体系的核心竞争力。我国高等学校在科学研究、知识创新中发挥了重要作用,但与发达国家和地区相比,目前对高等学校在国家知识创新体系中的重要地位在思想认识和体制机制以及资源配置上还存在比较大的差距。为了进一步提高我国科研机构和高校的综合实力,本文围绕国外典型创新型国家的科研机构和高校的关系以及我国科研机构和高校的现状,主要做了以下工作：1)典型创新型国家国立科研机构案例研究。主要以美国国家卫生研究院、英国医学研究理事会、德国马克斯·普朗克科学促进学会以及法国国家科学研究中心为例,先对这些科研机构进行了简单的介绍,再对它们的经费来源和分配、人才培养和人员交流以及和高校的科研合作进行定量和定性的描述,试图找出以上四国的科研机构和高校关系特点和共同之处,为我国的情况的分析和建议做好铺垫。2)介绍我国科研机构和高校的关系现状。介绍了我国科研管理体制的现状、中国科学院的发展历史和基本情况、中国科学院和高校的关系现状、我国高校在知识创新体系中的产出情况,对我国科研机构和高校关系进行了探索。3)分别对我国科研机构和高校的创新能力进行实证分析。运用SPSS软件,采用2010年我国31个省市地区科研机构和高校的数据,运用因子分析来评价各地区科研机构和高校的创新能力。结果显示,全国各省市的科研机构创新能力呈现出东西格局,东面的省市科研机构的创新能力较西部省市的科研机构创新能力更高一些。全国高校的创新能力呈现东高西低的态势,高校创新主要集中在东部沿海区域,中部和西部地区高校的创新能力相对较弱,这和我国社会经济的发展情况保持一致。4)对我国科研机构和高校创新能力的耦合度进行实证分析。采用2009年和2010年我国31个省市地区科研机构和高校的数据,运用DPS软件对我国科研机构和高校创新能力的耦合度进行分析,结果显示：目前我国的科研机构和高校创新能力的耦合度普遍不高。2010年,全国各省市的科研机构和高校创新能力的耦合度存在明显的地区差异。东部沿海省区、大部分中部地区和西部国家重点开发省区的耦合度均不高,空间上呈“U”型,表明这些地区的科研机构和高校的创新发展的协调性不够,资源投入产出的差别化明显,关联不明显。在“U”形之外的地区,耦合度较“U”形区的部分高,表明这些地区的耦合性相对较好。5)针对我国科研机构和高校关系中尚且存在的问题,提出三点国际建议。明确我国科研机构和高校的职能定位、重新构筑我国科研机构和高校的关系以及加强我国科研机构和高校的合作交流。