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本文以浙江近海的(?)科和海鲂科鱼类为研究对象,采用形态学研究方法,描述其形态特征,比较物种间的形态差异。同时利用DNA条形码技术对其进行物种鉴定,并比较分析DNA条形码(12S r RNA和COI基因)序列,研究种内及种间的序列差异,计算种内及种间的遗传距离,构建分子系统发育树,进而探讨(?)科和海鲂科鱼类间的进化关系。此外,对东方披肩(?)进行了初步的基因组组装,为(?)科鱼类系统发育基因组学研究奠定基础。1.(?)科鱼类形态学研究和DNA条形码研究(?)科Uranoscopidae鱼类隶属于硬骨鱼纲(Osteichthyes)、辐鳍亚纲(Actinopterygii)、鲈形目(Perciformes)、龙(?)亚目(Trachinoidei)。根据Fishbase资料显示现生(?)科鱼类共有9属54种,多为暖水性底层鱼类,广泛分布于太平洋和大西洋。由于(?)科鱼类在形态特征上具有相似性,对物种鉴定、分类地位和生物进化关系等方面的研究结果造成影响。同时,我国关于(?)科鱼类的形态特征描述存在不足和错误。本研究采集了日本(?)(Uranoscopus japonicus Houttuyn,1782)、项鳞(?)Uranoscopus tosae(Jordan&Hubbs,1925)、青(?)Xenocephalus elongatus(Temminck&Schlegel,1843)和东方披肩(?)Ichthyscopus pollicaris(Vilasri,Ho,Kawai&Gomon,2019)样品,对其进行研究。主要的研究结果如下:在形态学研究方面,通过对(?)科鱼类的可数、可量性状进行测量,对其主要形态特征进行描述,并比较了它们的形态差异。其中,(?)科鱼类的鳍条、前鳃盖骨下缘的鳍棘、体色和体背侧的斑纹存在差异,可以通过比较主要形态特征对其进行物种鉴定和分类。日本(?)的主要鉴定特征是背鳍2个,第一背鳍上端呈黑色;体背侧具有不规则的白色斑纹;前鳃盖骨下缘有3~4个尖棘。项鳞(?)的主要鉴定特征是体背侧未见明显的斑纹;前鳃盖骨下缘有6个尖棘,下鳃盖骨下方有1个短棘,在鳃孔上方有2个肩棘。青(?)的主要鉴定特征是背鳍1个,无鳍棘;鳃盖骨后上方有1小棘,前鳃盖骨无尖棘,下鳃盖骨无短棘;体背侧具有深色的小斑点。东方披肩(?)的主要鉴定特征是背鳍由2个鳍棘和18根鳍条组成;前鳃盖骨、下鳃盖骨与肩部均无肩棘和肱棘;前鳃盖骨下半部外露,鳃盖骨后缘上方有一绒毛似的皮突;肩部上方有一羽状皮膜;头较粗大;上下唇缘有绒毛;身体颜色较淡,体背侧和背鳍有白色斑点。在DNA条形码研究方面,本研究对4种(?)科鱼类的DNA条形码(12S r RNA和COI基因)进行扩增,结合Gen Bank中下载的同源序列,比较分析了序列差异,并构建系统发育树。在基于12S r RNA基因片段对(?)科鱼类进行的研究中,日本(?)的种内遗传距离为0.0022,项鳞(?)的种内遗传距离为0.0024;种间遗传距离范围为0.0622~0.2724。符合种内遗传距离小于种间遗传距离的标准。根据系统发育树的拓扑结构可知,日本(?)位于树的上端,属于较早分化的物种,东方披肩(?)位于树的基部,属于较晚分化的物种。同时,日本(?)先与项鳞(?)聚类,然后与少鳞(?)聚为一支,接着与双斑(?)聚在一起,再与青(?)聚为一支,最后和东方披肩(?)聚为一支,说明日本(?)、项鳞(?)和少鳞(?)之间的亲缘关系较近,它们与东方披肩(?)和青(?)的亲缘关系稍远。在基于COI基因片段对(?)科鱼类进行的研究中,种内遗传距离范围为0.0007~0.0396;种间遗传距离范围为0.1376~0.2759,其中项鳞(?)与双斑(?)的遗传距离最小(0.1376),然后是项鳞(?)与日本(?)(0.1923),其次是日本(?)与双斑(?)(0.1985),接着是青(?)与东方披肩(?)(0.2285),双斑(?)与青(?)的遗传距离最大(0.2759)。根据系统发育树的拓扑结构可知,所有引用序列与自测的日本(?)、项鳞(?)、青(?)和东方披肩(?)聚类到一起,且所有种类在NJ树的拓扑结构上形成置信值较高的单系群体。(?)科鱼类的种间遗传距离大小与系统发育树中亲缘关系的远近相一致,表明了DNA条形码对于(?)科鱼类的有效性。东方披肩(?)全基因组survey分析:本研究对东方披肩(?)全基因组进行了survey测序分析,经过滤后clean data数据量为72.27 Gb,测序质量正常,测序错误率正常。同时,K-mer总数为56,507,961,416,K-mer深度为91,样本基因组大小约为598 Mb,修正后为590 Mb,杂合率为0.45%,重复序列比例为36.02%。从头组装一个东方披肩(?)基因组,获得了一个大小为532.06Mb的基因组,东方披肩(?)基因组Contig N50长度为1.48 kb,Scaffold N50长度为11.24 kb。本研究组装得到的东方披肩(?)基因组草图为进一步开展(?)科鱼类系统发育基因组学研究奠定了基础。2.海鲂科鱼类形态学研究和DNA条形码研究海鲂科Zeidae鱼类隶属于硬骨鱼纲(Osteichthyes)、辐鳍亚纲(Actinopterygii)、海鲂目(Zeiformes),广泛分布于太平洋、大西洋和印度洋,为暖温性鱼类。全球海鲂科鱼类共有7属13种,我国记录有7属9种。本研究采集了云纹亚海鲂Zenopsis nebulosa(Temminck&Schlegel,1845)和远东海鲂(Zeus faber Linnaeus,1758)样品,对其进行研究。主要的研究结果如下:在形态学研究方面,对远东海鲂和云纹亚海鲂的可数可量性状特征进行测量,对其主要形态特征进行描述,并比较了它们的形态差异。研究发现,远东海鲂与云纹亚海鲂的背鳍鳍棘细长且坚硬,臀鳍均有鳍棘,背鳍鳍棘和腹鳍均有鳍膜且延长成线状,有些样品可长达尾部;体高,接近全长的一半;口大;眼大;鳃孔宽大。同时,远东海鲂的身体两侧中部有一大黑斑,这成为它的主要鉴定特征。云纹亚海鲂的体侧未见明显的斑纹,可以从其他性状加以鉴定。在DNA条形码研究方面,在12S r RNA基因序列分析中,共测得24条序列,其中有16个单倍型,分别是远东海鲂3个单倍型和云纹亚海鲂13个单倍型。基于12S r RNA基因计算了种内及种间的遗传距离,远东海鲂的种内遗传距离为0.0039,云纹亚海鲂的种内遗传距离为0.0089;种间遗传距离范围为0.0535~0.3648,其中云纹亚海鲂与多棘亚海鲂的遗传距离最小(0.0535),多棘亚海鲂与太平洋副海鲂的遗传距离最大(0.3648)。基于12S r RNA基因片段序列构建了系统发育树。结果表明,云纹亚海鲂先与多棘亚海鲂聚为一支,再与远东海鲂聚为一支,分别与红腹棘海鲂和太平洋副海鲂聚到一起,最后与日本小海鲂聚到一起。在COI基因序列分析中,共测得32条COI序列,其中有10个单倍型,远东海鲂7个单倍型和云纹亚海鲂3个单倍型。远东海鲂的种内遗传距离为0.0017,云纹亚海鲂的种内遗传距离为0.0009;种间遗传距离范围为0.0400~0.2011,其中云纹亚海鲂与裸亚海鲂的遗传距离最小(0.0400),其次是云纹亚海鲂与多棘亚海鲂的(0.0479),然后是多棘亚海鲂与裸亚海鲂(0.0521),接着是云纹亚海鲂与远东海鲂(0.1596),而远东海鲂与太平洋副海鲂的遗传距离最大(0.2011),符合种内遗传距离小于种间遗传距离的标准。基于COI基因片段序列构建了系统发育树。结果表明,所有引用序列与自测的远东海鲂和云纹亚海鲂聚类到一起,裸亚海鲂先与云纹亚海鲂聚为一支,再与多棘亚海鲂聚类,接着与远东海鲂聚为一支,然后分别与太平洋副海鲂、红腹棘海鲂和日本小海鲂聚为一支,且所有种类在NJ树的拓扑结构上具有较高的置信值。