目前我国已经建立起较完善的环境污染防治体系，面对现有环境污染问题都有相应的治理手段和法律依据。但是在生态资源保护方面，面对日益严重的资源破坏问题，尚缺乏相应的调整手段。尽管部分环境污染防治手段可以起到生态保护的作用，却不能从根本上解决生态破坏问题。生态补偿作为一项新兴的环境管理手段，运用政府的宏观调控职能及市场化运作，通过制度化设计规范人们生产生活行为，协调生态保护法律关系中的利益关系，实现生态环境的恢复和可持续发展的目的。　　 本文研究参考已有的法学、生态学、环境经济学等多学科的生态补偿理论成果，运用比较研究、实证分析方法，从政府在生态补偿中的地位和作用角度出发进行研究，主张在我国生态保护初级阶段，应当发挥政府的主导作用，建立完善生态补偿制度。　　 本文第一部分首先研究分析生态补偿基本理论：从生态补偿的基本要素出发，界定生态补偿概念；阐述建立生态补偿的必要性；并通过对生态补偿理论的分析研究生态补偿实现路径。然后对生态补偿运行机制进行分析，研究生态补偿运行机制构成要素。　　 第二部分在研究国内外生态补偿实践，分析国外的成果经验和我国实践中的不足基础上，进一步分析政府购买模式和市场交易模式的优劣，得出生态补偿应根据实际情况采用不同的补偿模式这一结论。　　 第三部分则是对政府主导下的生态补偿制度完善的个人构想。主张政府可以在建立完善的生态补偿法律制度；建立完善的生态补偿监督管理机制；优化生态补偿财政转移支付；建立多元化融资渠道和调动市场资源参与生态补偿这五个方面发挥主导作用。