区域创新理论是建立在国家创新系统理论已有成果上发展起来的一门新兴理论,是国家创新系统理论的延伸,是国家创新系统理论的区域化和本地化,它为学者研究区域发展提供了新的视角,成为研究区域发展的另一重要理论支撑。在科技全球化和区域一体化的背景下,地区之间的竞争依然存在而激烈,地区之间的竞争逐渐衍变成区域创新能力的竞争,在新的形式下,推进区域创新评价显得尤为重要,本文即在此背景下选取西部唯一的直辖市-重庆作为研究出发点,与中国其它三个直辖市和同处西部的四川、陕西两省在创新投入和产出指标上作横向比较,进而相对于重庆作绩效上相对比较,用以发现重庆在区域创新问题上具有的优势和存在的不足,提出进一步巩固优势,填补劣势的措施和建议。本文首先引入了区域创新系统的基本理论,对区域创新的作用进行简要介绍,简要梳理了两个比较重要的评价模型,介绍了模型假设条件以及模型变量的意义。在综合评述国内和国外在区域创新评价上的研究成果基础上,总结本文的指导思想和行文过程中需要方法的理论来源。正文部分在述评重庆创新发展的历史和发展状况,提出重庆发展创新的有利条件和存在的问题的定性描述下,建立区域创新体系,划分针对不同比较对象的指标表,利用所搜集的数据、资料,以重庆为参照对象从直辖市角度和西部省市角度,对重庆的创新投入和创新产出进行指标数据的横向对比。通过指标表之间的比较和文章的需要,选择创新评价指标表,运用因子分析法和数据包络分析方法对重庆创新水平进行相对效率评价,分析存在的问题与不足,给出针对重庆本地特色的建议和措施。在研究方法上采用定性分析和定量分析相结合,从重庆创新发展现状分析已有的有利条件和存在的问题,从定性角度对重庆创新进行了初步分析。利用已有研究成果,分析确定利用因子分析法和数据包络分析法对创新绩效进行比较分析,采纳已有成果评价指标中的重要组成部分进行整理总结,生成初步待测创新指标体系,运用SPSS和Excel软件对因子分析法和数据包络分析法进行求解,得出重庆创新水平排名和相对效率。