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小麦赤霉病是世界温暖潮湿和半潮湿地区广泛发生的一种小麦毁灭性病害。由于小麦基因组的复杂性和自然条件下禾谷镰刀菌与宿主复杂的交互作用,小麦中控制与赤霉病响应相关的基因很大程度上仍然是未知的。Fhbl是小麦中与赤霉病抗性相关的最重要的基因座。因而小麦Fhb1位点一直是人们的研究热点。本研究对两个Fhb1近等基因系NIL75(抗赤霉病)和NIL98(感赤霉病)进行转录组测序,对转录本分别进行了有参比对和无参组装,其中在无参组装条件下我们发现了332个差异表达基因,而在有参比对条件下我们发现了2869个差异表达基因,并且发现苯丙烷合成途径、类黄酮合成途径和ABC转运蛋白途径等在抗感近等基因系间差异显著。Fhb1先前被定位于Contig ctg0954b上,我们将组装结果与小麦ctg0954b进行了比对,在各自组装条件下都比对到了10个差异表达基因。其中,在无参组装结果的比对中我们发现有一个基因Unigene29451(命名为TaS410)只在NIL98中特异表达,而NIL75中不表达,该基因位于ctg0954b上,且双侧标记为Xstsl89和Xsts142,该基因编码一种未知功能结构域的蛋白质(DUF659)和一种hAT(激活蛋白家族)二聚体。通过进化树分析发现小麦中TaS410基因与高粱的同源基因亲缘关系最近,推测可能是真菌和植物交互过程中通过水平转移而来的。NIL98中TaS410表达具有时空差异性,TaS410启动子区域存在响应病原菌诱导的顺式调控元件,可能导致赤霉菌侵染后该基因表达上调。该基因在感赤霉病病品种Wheaton、Jagger、Bobwhite和Clark中表达,但在宁7840、望水白、黄方柱、白三月黄和台湾小麦等携带Fhbl的品种中沉默。在NIL75中,TaS410第4外显子上1个核苷酸的缺失可能是导致转录提早终止和基因沉默的原因。开发了TaS410基因特异标记,该标记在宁7840/Clark衍生的RIL群体中与感病性极显著关联,这些结论表明TaS410的表达提高了赤霉病的感病性而它的沉默可能会导致小麦抗性的提高。因此我们开发的TaS410特异标记能用来协助排除感病等位基因来促进小麦抗赤霉病育种工作。此外,对TaS410在我国小麦微核心种质中的分布也进行了分析,在地方品种中由南到北、由东向西各麦区中频率呈现增加的趋势,在部分麦区的育成品种中频率也较高。