二代测序在重症肺炎中的临床诊治价值

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目的:探讨二代测序(NGS)在重症肺炎中的临床诊治价值。方法:回顾性的分析2017年01月至2019年12月入住我院呼吸与危重症医学科的148例重症肺炎患者,根据其是否进行二代测序(NGS)检测分为NGS组和对照组。对照组患者33例,收集患者痰液、血液及肺泡灌洗液(BALF)等标本进行常规微生物检测。NGS组患者115例,同样收集患者痰液、血液及肺泡灌洗液(BALF)等标本进行常规微生物检测,同时NGS组患者还收集血液或BALF送基因公司进行NGS检测。收集两组患者的临床基本信息、临床症状、常规微生物检测结果、NGS检测结果、肺炎严重程度评分(CURB 65评分)、急性生理与慢性健康评分(APACHEⅡ评分)、抗生素方案、住院时间、机械通气时间、疾病转归情况等数据。结果:1.基本资料:NGS组和对照组患者的年龄、性别、CURB 65评分和APACHEⅡ评分的差异无统计学意义。NGS组患者平均机械通气时间为(6.04±10.33)天小于对照组(10.94±11.20)天,差异具有统计学意义(p=0.02)。NGS组患者平均住院时间为(14.52±9.06)天,小于对照组患者(19.38±11.82)天,差异具有统计学意义(p=0.03)。2.病原体检测阳性情况分析:148例重症肺炎患者中有126例患者检出病原体阳性,病原体检测阳性率为85.13%。重症肺炎患者中最常见的感染类型为混合感染有72例(57.14%),单纯细菌感染有31例(24.60%)次之。混合感染类型中以细菌真菌混合感染39例(30.95%)最常见,其次为细菌病毒混合感染13例(10.32%)。3.两组病原体构成情况:在病原体检测阳性的126例患者中,共检出396种病原体,其中细菌239株(60.35%),真菌78株(19.70%),病毒68株(17.17%),支原体4株(1.01%),衣原体5株(1.26%),钩端螺旋体2株(0.51%)。NGS相较常规微生物检测而言,其在检测细菌(p=0.003)、肺炎克雷伯菌(p=0.020)、流感嗜血杆菌(p=0.029)的阳性率较高,差异具有统计学意义。尤其是在检测屎肠球菌(p=0.009)、真菌(p=0.003)和肺孢子菌(p=0.005)上,NGS检测阳性率高,差异具有显著统计学意义。4.NGS组共有115例患者,均进行了NGS检测和常规微生物检测。59例患者的NGS检测结果与常规微生物检测结果相同,计算两种检测方法的符合率为51.3%。NGS检测的阳性率为90.4%,常规微生物检测的阳性率为47.8%,NGS检测的阳性率明显高于常规微生物检测。NGS检测的灵敏度为94.55%(104/110),特异度为100%(5/5)。常规微生物检测的灵敏度为54.55%(60/110),常规微生物检测的特异度为100%(5/5)。NGS检测的灵敏度高于常规微生物检测,差异具有统计学意义(p<0.01)。5.抗生素调整情况:有104例(70.27%)患者根据NGS检查结果调整抗生素方案,有22例(14.86%)患者根据常规微生物检测结果调整抗生素方案,有22例(14.86%)患者未检测出病原体。6.NGS组共有104例患者根据NGS检查结果调整抗生素方案,其中有84例患者病情好转,有20例患者死亡,NGS组患者病死率为19.23%。对照组共有22例患者患者根据常规微生物检测结果调整抗生素方案,其中有12例患者病情好转,有10例患者死亡,对照组病死率为45.45%,两组患者病死率差异有显著统计学意义(p=0.001),NGS组患者的病死率显著低于对照组。结论:1.NGS检测能够提高病原体检测阳性率。2.NGS检测比常规微生物检测的灵敏度高。3.根据NGS检测结果调整抗生素方案,能够缩短患者住院时间和机械通气时间,降低病死率。
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