随着经济发展和城市化进程的不断加快，海洋开发活动逐渐加剧，海洋生态系统出现了诸多问题，生态系统健康状况面临严重威胁。通过开展海洋生态系统健康评价，系统诊断海洋生态系统健康状况，及时发现存在问题与隐患，是加强海洋生态保护的重要基础，能为海洋生态系统管理提供科学依据。本研究即以海洋生态系统健康评价为主线，构建了集海洋生态监测、海洋生态系统健康评价、海洋生态系统管理于一体的理论与方法体系，并开展了长江口海洋生态系统的案例研究，以望为加强我国海洋生态系统监测、评价与管理工作提供一定科学支撑。　　首先，在深入分析海洋生态系统健康内涵及其特征的基础上，从结构、功能、环境和干扰四个方面初步构建了海洋生态系统健康评价的通用指标体系，并通过“指标归类-初级筛选-最终确定”的程序确定了34个海洋生态系统健康评价的通用指标，以此作为海洋生态系统健康评价的重要表征依据。　　其次，针对构建的海洋生态系统健康评价指标体系，结合不同类型海洋生态系统的特征，建立我国海洋生态监测的通用指标和特有指标，从站位布设、采样时间、频率等方面系统介绍各指标的监测方法、技术与标准，并进行我国海洋生态监测网络的设计，以及时、全面了解海洋生态系统基本状况。　　随后，构建了海洋生态系统健康模糊综合评价模型，通过整合各评价指标数据信息来全面反映海洋生态系统健康状况。在对海洋生态监测所获取的数据进行挖掘和分析的基础上，确定海洋生态系统健康等级，并考虑地域性和季节性等原则，根据国家所规定的相关法律法规、环境背景值、历史资料及与国内外相关研究成果相结合的方法确定了海洋生态系统健康评价各指标的健康阈值范围。　　最后，利用所构建的海洋生态系统健康评价指标体系与评价模型，并结合一定辅助指标开展长江口海洋生态系统健康评价的案例研究，评价结果表明：2004-2008年夏季，长江口生态系统大部分年份处于不健康等级；就具体健康评价要素而言，长江口生态系统结构健康状况较差，生物群落结构出现异常变化；功能健康状况不容乐观，生态功能紊乱：海洋环境质量存在健康隐患，海水中的无机氮和活性磷酸盐含量持续增加，氮磷比失调；海洋生态系统所受到的干扰不断加剧。在对基于生态系统的区域海洋管理的原则、目标和框架进行初步探讨的基础上，结合长江口海洋生态系统健康评价结果，提出了长江口海洋生态系统管理对策，通过对人类涉海活动的有效管理来实现和保持海洋生态系统的持续、健康发展。