随着经济全球化、政治多极化、社会知识化、信息网络化和文化多元化时代的到来,21世纪的中国正处于一个重要的改革和发展的战略机遇期,教育的战略地位更加引人注目。研究型大学建设,可以加快我国创建世界一流大学的进程,提高我国的国际竞争力。研究型大学组织结构研究是我国现代大学管理创新的重要组成部分,是一项复杂的工程,关系到我国高等教育的兴衰,关系到我国科教兴国战略的实施。然而,我国研究型大学的建设仍处在起步探索的阶段,各方面都还不成熟,特别是组织结构管理还存在一些问题。基于组织结构管理对建设我国研究型大学的重要性,对其进行深入系统的研究已经成为建设我国研究型大学迫切需要解决的问题。本文从组织结构的基本理论出发,首先介绍了组织的涵义和功能、组织理论的演进和组织结构形式的发展;介绍了大学组织的变迁,提出了大学组织的四大特征:学术性和自主性、多样性和统一性、松散性和矛盾性、民主性和开放性,并分析了我国研究型大学组织结构的特征。然后归纳了我国研究型大学管理的成功经验,分析了我国研究型大学组织结构存在的问题,并从历史原因、现实原因的角度进行了深刻的探讨。接着以实证为例,探究了国际著名研究型大学组织结构的取向,在权力配置、行政机构和基层学术机构的设置等方面得出了一些对我国研究型大学组织结构管理有益的启示。最后本文提出了当前我国研究型大学组织结构创新管理的指导思想、理念和原则,并借鉴国内外研究型大学的成功经验,从优化横向与纵向权力的分配体系、加大行政管理部门的改革力度、加快基层科研学术组织的建设步伐和加强规章制度的完善等四方面提出了切实可行的措施,建立了我国研究型大学组织结构的基本模型。