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伤寒沙门菌和甲型副伤寒沙门菌是引起伤寒和副伤寒的主要致病菌,目前伤寒和副伤寒在全世界尤其在东南亚、非洲等许多发展中国家依然是一个严重的公共卫生问题。据世界卫生组织统计,2004年全球约有2160万人患伤寒,541万人患副伤寒,共导致约22万人死亡。在我国伤寒和副伤寒是重点防治的传染病之一,被列为乙类传染病。1990年以前,我国不同地区伤寒、副伤寒发病率在10/10万-50/10万之间波动,1990年以后,发病率有所降低,在4.08/10万-10.45/10万之间。但是近年出现新的流行趋势,甲型副伤寒在一些省份出现并迅速流行,在局部地区甲型副伤寒甚至超过伤寒成为优势菌感染,并表现为流行地区逐渐扩大。在传染病的监测、暴发识别和追踪溯源方面,分子分型方法对病原学的分析有着重要的作用。脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)是分子分型的重要技术之一,它重复性好、结果稳定、易于标准化,已在分子流行病学分析中得到了广泛应用。本研究使用PulseNet Asia Pacific推荐的基于鼠伤寒沙门菌的PFGE分型方案,初步建立了我国伤寒沙门菌的PPGE分型数据库。数据库所有的菌株为中国疾病预防控制中心传染病控制所(ICDC)保存的我国自1959年至2007年期间分离的伤寒沙门菌菌株共930株,XbaⅠ酶切PFGE电泳后用BioNumerics(Rersion 4.0)数据库软件处理,构建我国伤寒沙门菌分离株的PFGE分型数据库,并进行聚类分析(UPGMA),聚类相似性系数在41.4%-100%之间,可分为456种带型,每种带型包含1～44株菌,平均每种带型包含2株菌,38种带型在不同的省份交叉出现,而418种带型属于每个省份的独特的带型,63种带型在不同的年份交叉出现,其余的393种带型属于每个年份的独特的带型。各地之间存在着差异明显的多个克隆系,并在不同的年份出现,提示了这些分离株的变异度比较大。而有些带型在不同年份的反复出现,反应了伤寒沙门菌不断变异中的一种相对的稳定型。本数据库能够与国际实验室监测网络连接和共享,可以为我国伤寒监测分析以及国际化的伤寒预警和应急反应服务。由于发达国家甲型副伤寒发病率很低,在0.4/10万-3.7/10万之间,多呈散发,PulseNet公布的沙门菌PFGE标准化方案主要是针对鼠伤寒沙门菌血清型。近年来,甲型副伤寒在我国和东南亚国家引起流行,在对甲型副伤寒沙门菌分离株的监测分析中,发现使用针对鼠伤寒沙门菌的PFGE分型方案在用于甲型副伤寒沙门菌的分析时,其分辨能力有限。为探索更适合于甲型副伤寒沙门菌分离株的PFGE分析程序,因此在本研究中对核酸内切酶以及PFGE电泳参数进行优化筛选,选择XbaⅠ、SpeⅠ和XhoⅠ三种限制性内切酶作为选定的内切酶,在甲型副伤寒沙门菌的PFGE分子分型的几种电泳参数中,通过比较选择每种酶区分能力最强的电泳参数,并选出一种首选酶的PFGE分析过程。对于每种酶选择不同的电泳参数对甲型副伤寒沙门菌菌株进行分析,通过比较不同参数的电泳图谱获得的分辨率,选择三种酶的具有最大区分能力的电泳参数,进一步确定最佳的酶。通过对来自不同年代和不同地区的33株甲型副伤寒沙门菌进行相似度和分辨率的分类和比较分析,发现使用XbaⅠ酶切的PFGE电泳参数1.5-29s,20h;使用SpeⅠ酶切的PFGE电泳参数1-20s,20h;使用XhoⅠ酶切的PFGE电泳参数2.2-29s,20h,分辨率最高,分成的型别最多分别为17种,23种和15种。再对这三种酶进行比较,发现SpeⅠ的分辨率最佳,由此确定甲型副伤寒PFGE最佳内切酶和电泳参数。利用该优化条件能够提高甲型副伤寒沙门菌分离株PFGE分型的分辨率,利于暴发流行的实验室监测分析。