生态系统健康是近年来国内外研究热点,受到越来越多的重视。本文以敖江流域为研究区,通过收集河流、水库水质监测断面数据,布设底栖动物、鱼类采样断面,监测并采集样品,结合2009年污普动态更新数据、2010年遥感解译数据,摸清陆域污染物来源的组成结构,分析污染物的主要来源,找出陆域生态系统健康压力来源,基于水质、水量、底栖动物、鱼类等监测数据,分析了流域的水质状况和水生态系统现状,选择生境结构、水生生物和生态压力三类8项水域生态健康评估指标,生态格局、生态功能和生态压力三类7项陆域生态健康评估指标,采用指标体系评价方法对敖江流域水域和陆域生态系统健康进行系统而全面的评价。研究结果表明：(1)从陆域生态系统健康压力分析来看,敖江流域COD排放量主要来自畜禽养殖,氨氮排放量主要来自城镇生活,总氮排放量主要来自城镇生活和农业面源,总磷排放量主要来自城镇生活和畜禽养殖。敖江流域各生态系统类型面积比例比较均匀,其中草地面积最大,人工表面面积次之,灌木面积第三。从人工表面分布来看,主要集中在敖江下游和支流牛溪流域,包含连江县的大部分地区,主要原因是敖江流域石板材开采,以及连江县为沿海县,人口相对密集,经济较为发达。(2)从水域生态系统健康压力分析来看,敖江流域水质总体较好,但是山仔水库总氮、总磷长期超标,水体存在富营养化和藻类暴发生态环境问题。敖江流域底栖动物种类呈现为：水生昆虫类>寡毛类>甲壳类>腹足类>蛭类>瓣鳃类,支流大于干流,河流大于水库的规律。敖江流域鱼类种类呈现为：上、中、下游各科物种组成差异不显著,鱼类区系特点具有较明显的热带、亚热带区系特点。(3)敖江流域上游单元的水域生态健康良好,限制因子为鱼类、大型底栖动物多样性；中游单元水域生态健康良好,限制因子为水质状况指数、大型底栖动物多样性综合指数,主要与山仔水库TN、TP超标、富营养化有关；下游单元水域生态健康一般,主要是水生生境干扰指数、大型底栖动物多样性综合指数方面较差。敖江流域上游单元陆域生态健康状态良好,景观破碎度、森林覆盖率、建设用地比例与污染负荷排放指数评价结果均为优秀,但无受保护区。中游单元陆域生态健康为良好,其中建设用地比例、景观破碎度、土壤保持功能评价都达到优秀,但受保护区比例中等。下游单元陆域生态健康为较差,主要是景观破碎度、森林覆盖率、建设用地比例评价为差,植被受破坏,水土流失,水源涵养功能一般,受保护区面积较少。敖江流域上游、中游单元综合生态健康状态良好,下游单元综合生态健康一般。(4)根据流域生态系统健康评价结果,针对流域生态健康保护存在的主要问题和风险,提出加大保护饮用水源地、重点控制流域人为污染、强化石材加工区生态保护和恢复、提升城镇生活污染处理水平和开展小流域污染整治等措施,明确水域和陆域各自的优先保护和治理重点及主要对象。