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椰子(CocosnuciferaL.)为棕榈科椰子属植物，是热带果树种类中分布和栽培面积最广的果树种类之一。目前关于海南本地高种椰子资源遗传多样性、遗传背景及其育种价值方面的研究结果报道尚属空白，严重影响了该地区椰子资源的收集评价和品种选育工作。本课题应用SSR分子标记技术，首次系统地研究了海南省11个椰子栽培品种的亲缘关系和遗传多样性。主要研究结果如下：
1.对椰子SSR反应体系进行了优化，确立了最适宜的体系：在20μL反应体系中，Mg2+、引物和dNTP的最适浓度分别为2.5mmol/L、0.3μmol/L、0.2mmol/L；TaqDNA聚合酶的最佳使用量为1U，模板DNA应加入50ng，引物最佳退火温度比每对引物Tm值较小者小2-3℃。在参数优化的基础上，应用标记分析该反应体系对11个海南不同地区高种椰子样品进行SSR分析，不同样品摘要间DNA谱带多态性丰富，说明该优化体系可靠，适合应用于椰子遗传多样性分析。
2.SSR分子标记多态性好、稳定性高，可用于椰子属种质资源的遗传多样性研究。选取的30对引物用于PCR扩增，结果有23对引物扩增出有效多态性片段136条，平均多态性百分率为95.77％，每对引物扩增出的带数2-12条不等，平均为6.17条，每个SSR位点的多态信息量(PIC)变化于0.173-0.896之间，平均为0.561。11份材料之间遗传相似系数变化范围0.061-0.861，说明海南椰子栽培品种之间存在丰富的遗传多样性。UPGMA聚类分析结果表明，11个椰子栽培品种分为四个类群和两个亚群。
3.利用SSR的方法，从分子水平上所得到的关于椰子栽培品种间的亲缘关系的研究结果，与形态学研究的分类结果并不完全吻合。