马氏珠母是我国海水珍珠生产的主要贝种，我国自1965年成功开展其人工育苗以来，海水珍珠养殖业得到了迅猛发展。但近年来海水珍珠质量明显下降、价格走低。在生产中具体表现为生长慢、个体小型、死亡率高。因此，对珍珠贝进行遗传改良，培育出生长快、个体大、育珠性状好的品种，是当前珍珠养殖业的当务之急。 AFLP标记技术是近年来发展起来的基于PCR基础上的一种DNA标记技术，本文以不同的四个选育材料为基础，对AFLP标记技术在四个选育系遗传分析中的应用进行了比较。从54个引物组合中筛选出3对AFLP引物组合对四个壳色系的遗传多样性及遗传分化进行了研究。检测到AFLP标记在每个单位分析中扩增到的多态性条带数和多态性检测效率显远高于其他分子标记技术。但是，由于AFLP技术相对比较昂贵，技术含量较高，故而使用率低于其他分子标记技术。 本文采用AFLP标记技术对实验室选育的4个不同壳色马氏珠母贝群体(黑壳色、红壳色、黄壳色和白壳色)共80个体(每个群体20个)进行了遗传多样性分析。从81个引物组合随即选出54个组合在4个选育系中得到的扩增片段不均匀分布在100bP到1500bp之间，主要集中在250bp到1000bp之间。并从中选择出三对引物对四个壳色系进行扩增。三对引物均能扩增出清晰，可重复的扩增产物，扩增带型差异明显。4个四个壳色群体均体现出较高的多态位点比例和杂合度。4群体的多态位点比例分别为：黑壳色群体49.2447％；红壳色群体49.5468％；黄壳色群体51.6616％；白壳色群体63.4441％。平均杂和度分别为0.1884；0.1886；0.1896和0.1954。遗传距离介于0.1281～0.0586之间。4个群体的Fst为0.1972。四个群体间及群体内均存在遗传分化。根据遗传距离绘制了UPGMA聚类图。4个群体间的遗传关系如下：黑壳色和红壳色群体聚为一支，黄壳色和白壳色群体聚成一支，这两支还存在有一定的遗传距离，其中黑壳色与白壳色的遗传距离较远。试验结果表明：经过选育的群体仍保持较高的杂合度，种质资源处于较好的状态。 本论文应用AFLP标记技术对实验室培育的四个壳色系进行了遗传多样性分析，探讨了选育系在遗传多样性水平上的差异及其原因，并同时探讨了分子标记技术在常规选育中的辅助作用。同时摸索出了一套适合本实验室进行AFLP分子标记技术的实验方法，以期为马氏珠母贝的良种培育提供技术支持和参考资料，为马氏珠母贝的良种选育提供参考。