20世纪50年代德鲁克首次提出“目标管理”的理念,在国外得到充分发展,并在企业管理实践中取得了极大的成就。随后,这一理论被引入中国,各行各业结合实际情况,纷纷进行实践,努力探索适合本行业的目标管理理论和方法。既然如此,本文对如何合理构建医疗机构职能部门目标管理考核指标体系进行研究。本文依托目标管理理论,把内蒙古医科大学附属医院作为实践研究对象,以党委办公室、质量管理部和医务部为切入点,将文献分析法、历史分析法、归纳总结法相结合,开展医疗机构职能部门目标管理考核指标体系的研究工作。各级医疗机构不约而同的在临床、医技科室中推行目标管理,由于职能部门工作任务量化考核难度大,所以在制定考核指标相对或者刻意忽略了职能部门。在了解国内外目标管理理论和实践经验的基础上,经过对党委办公室、质量管理部和医务部三个部门的比较分析,找出现有考核指标体系中存在的问题和不足并针对问题提出相应的整改方法。主要结论为:在医疗机构的职能部门中推行目标管理是切实可行的,现有的考核指标需要根据医院发展的实际情况不断完善,同时注重指标内容的特点,将指标的制定者、执行者和考核者角色分离,着力保证考核的科学性、合理性、公正性和公平性。但是,由于本人知识储备和实践的经验的不足,对于引入第三方评价组织后的监管工作尚未解决,以后将继续研究这方面的问题,不断完善医疗机构职能部门目标管理考核指标体系。